Родился 31 мая 1862 года в Уфе в интеллигентной купеческой семье с религиозно-патриархальным укладом.
Свое художественное образование Михаил Васильевич получил в Москве, в знаменитом училище живописи. Во время учебы наставниками были такие мастера художественного дела, как Перов и Саврасов. По окончанию Московского Художественного училища, Нестеров отправляется в Петербург. В столице России Михаил Васильевич поступает на учебу в знаменитую Академию Художеств.
Академия не произвела на юношу должного впечатления, и он вернулся в Москву, где продолжил учебу в Художественном училище.
Нестеров пишет картины на исторические темы, а для заработка занимается рисованием в журналах и книгах. В 1885 году получает звание свободного художника, за написание картины «Избрание Федора Михайловича Романова на царство».