Иван Фёдорович) родился 19 ноября 1770, в имении Хагудис, близ
г. Рапла (Эстония). Сын судьи Иоганна Фридриха фон Крузенштерна.Выходец из небогатого дворянского рода, в 1785-1788 годы учился в Морском кадетском корпусе, в год окончания которого участвовал в Голландском сражении, а в 1789 и 1790 — еще в трех морских сражениях; произведен в лейтенанты.
В 1793-1799 добровольцем проходил службу на английских судах в Атлантическом и Индийском океанах, а также в Южно-Китайском море; произведен в капитан-лейтенанты.