теории музыки и практические уроки он получил у своего отца,
органиста и директора церковного хора. Первым музыкальным инструментом Миллера была блок-флейта. Позже, ещё в школе, он начал осваивать Си-бемоль кларнет, играя в школьном ансамбле и в New York All-City band. После школы Маркус поступает в Высшую школу музыки и искусства (High School of Music and Art) по классу кларнета. Он хочет продолжить музыкальное образование в консерватории, но не уверен в правильности выбранного инструмента. Поэтому он поступает в колледж без музыкальной специализации - Queens College.Бас-гитару Миллер в первые взял в руки, играя в местных фанк-групах, когда ему было тринадцать лет. Он осваивал её самостоятельно, используя знания полученные при изучении игры на кларнете.
Первые записи Маркуса Миллера, как бас-гитариста, состоялись во время его учёбы в колледже. Со временем, ему пришлось оставить учёбу и игру на кларнете, к которому он вернётся лишь через семь лет. Именно в годы обучения он знакомится с такими людьми, как Дэвид Санборн, Роберта Флак, Джордж Бенсон, Лютер Вандрос, Джо Семпл, Поль Симон, Билл Визерс, Майлз Дэвис. В 1981 году Миллер становится музыкантом в группе Майлза Дэвиса и два года проводит в турне.