Постановка знаков препинания в предложениях с разными видами связи

будет болен, не придет.
Он сказал, что если будет болен, то

Запятая не ставится если есть слова: то, но, так.

Запятая ставится если нет слов: то, но, так.

тучи, и, когда мы вбежали, начался дождь.

тучи, и, хотя шел только третий час дня, было темно.
,

,

и

.

но

По сумрачному небу носились густые тучи, и хотя шел только третий час дня, но было темно.