Разделы презентаций
- Разное
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Лекция 9 Алгоритмы и методы глобального выравнивания последовательностей
Содержание
- 1. Лекция 9 Алгоритмы и методы глобального выравнивания последовательностей
- 2. Выравнивание последовательностей —метод, основанный на
- 3. Глобальное выравниваниеПолагается, что последовательности обладают достаточным сходством
- 4. Слайд 4
- 5. Слайд 5
- 6. Алгоритм Нидлмана — ВуншаБыл предложен в 1970
- 7. Графическое представление. Точечная матрица.
- 8. Графическое представление. Точечная матрица.
- 9. Графическое представление. Точечная матрица.
- 10. Графическое представление. Точечная матрица.
- 11. Графическое представление. Точечная матрица.
- 12. Графическое представление. Точечная матрица.
- 13. Графическое представление. Точечная матрица.Dot Plot. Drosophila melanogaster SLIT protein aligned against itself.
- 14. Создание выравнивания (1)
- 15. Создание выравнивания (2)
- 16. Создание выравнивания (3)
- 17. Создание выравнивания (4)
- 18. Параметры Clustal
- 19. Общий вид
- 20. https://mafft.cbrc.jp/MAFFThttp://www.tcoffee.org/T-Coffee
- 21. Рекомбинационный анализSimplot (Lole et al., 1999)https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/Analysis of
- 22. Рекомбинационный анализSimplot (Lole et al., 1999)https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/Analysis of
- 23. Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методыRDP – (http://web.cbio.uct.ac.za)
- 24. Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методыRDP – (http://web.cbio.uct.ac.za)
- 25. RDP –
- 26. RDP – (можно скачать с сайта http://web.cbio.uct.ac.za)
- 27. Слайд 27
- 28. Слайд 28
- 29. Слайд 29
- 30. Слайд 30
- 31. Рекомбинационный анализSplitsTree4
- 32. Рекомбинационный анализSplitsTree4
- 33. Рекомбинационный анализTOPALiPredicting recombination regions with HMM (Hidden
- 34. Скачать презентанцию
Выравнивание последовательностей —метод, основанный на размещении двух или более последовательностей ДНК, РНК или белков друг под другом таким образом, чтобы легко увидеть сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их
Слайды и текст этой презентации
Слайд 1Лекция 9
Алгоритмы и методы глобального выравнивания последовательностей. Множественное выравнивание. Рекомбинационный
анализ
Слайд 2 Выравнивание последовательностей —метод, основанный на размещении двух или
более последовательностей ДНК, РНК или белков друг под другом таким образом, чтобы легко увидеть
сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их функциональные, структурные или эволюционные взаимосвязи. Выровненные последовательности оснований нуклеотидов или аминокислот обычно представляются в виде строк матрицы. Добавляются разрывы между основаниями таким образом, чтобы одинаковые или похожие элементы были расположены в следующих друг за другом столбцах матрицы
Слайд 3Глобальное выравнивание
Полагается, что последовательности обладают достаточным сходством по всей длине
Можно
разделить на: попарное (выравнивание двух последовательностей) и множественное (выравнивание трех
и более)Самые распространенные: Clustal, T-Coffee, MAFFT и MUSCLE
Слайд 6Алгоритм Нидлмана — Вунша
Был предложен в 1970 году
является примером динамического
программирования, и он оказался первым примером приложения динамического программирования к
сравнению биологических последовательностей
Слайд 13Графическое представление. Точечная матрица.
Dot Plot. Drosophila melanogaster SLIT protein aligned
against itself.
Слайд 21Рекомбинационный анализ
Simplot (Lole et al., 1999)
https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/
Analysis of HBoV genome sequences
using Simplot (A) and Bootscan (B) methods. Gray arrows show
HBoV ORFs.
Слайд 22Рекомбинационный анализ
Simplot (Lole et al., 1999)
https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/
Analysis of HBoV genome sequences
using Simplot (A) and Bootscan (B) methods. Gray arrows show
HBoV ORFs.
Слайд 23Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методы
RDP –
(http://web.cbio.uct.ac.za)
Слайд 24Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методы
RDP –
(http://web.cbio.uct.ac.za)
Слайд 33Рекомбинационный анализ
TOPALi
Predicting recombination regions with HMM (Hidden Markov Model) implemented
in TOPALi. Default parameter values were used. The horizontal axis
represents the site in the alignment, the vertical axis represents the probability for topology change, and the dotted line shows the 95 percentile under the null hypothesis of no recombination. SARS-CoV, IBV, BCoV and HCoV was used, where SARS-CoV-severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus, BCoV-bovine coronavirus, HCoV-human coronavirus, and IBV-avian infectious bronchitis virusPredicting recombination regions with HMM (Hidden Markov Model) implemented in TOPALi. Default parameter values were used. The horizontal axis represents the site in the alignment, the vertical axis represents the probability for topology change, and the dotted line shows the 95 percentile under the null hypothesis of no recombination. SARS-CoV, IBV, BCoV and HCoV was used, where SARS-CoV-severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus, BCoV-bovine coronavirus, HCoV-human coronavirus, and IBV-avian infectious bronchitis virus
