кафедрой биоинформатики МБФ, д.б.н., профессор РАН)
Борис Владимирович Шилов
(доцент, к.м.н.)
Сергей
Михайлович Иванов (преподаватель)
Комнаты 113, 117
Разделы презентаций
- Разное
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Введение в биоинформатику Биологические базы данных
Содержание
- 1. Введение в биоинформатику Биологические базы данных
- 2. Создана в 2014 году для преподавания биоинформатики
- 3. - Разработка и использование методов анализа «структура-активность»
- 4. РНИМУОснова курса
- 5. Определить понятия и термины используемые в
- 6. http://www.bisti.nih.gov/docs/CompuBioDef.pdf1. Биоинформатика применяет принципы информационных наук и
- 7. Биоинформатика — совокупность методов и подходов, включающих
- 8. РНИМУСнижение стоимости получения данныхУвеличение скорости получения данныхУвеличение количества данныхУлучшение доступности данныхРазвитие биоинформатики
- 9. РНИМУЦикл накопления знаний
- 10. РНИМУЦикл накопления знанийАнализ геномовИнтеграция данныхАнализ данныхБаза данныхУзкое местоИнтеграция знанийОбласть применения биоинформатики
- 11. Фармакологические исследованияСеквенирование ДНК (РНК) вирусаРНИМУГипотетический биоинформатический процессСкрининг
- 12. КлеткаОрганизмДерево жизниРНИМУТри уровня биоинформатики
- 13. Первый уровень: КлеткаРНИМУ
- 14. РНИМУДжеймс Уотсон, Френсис Крик1953 г., USA2003 г. Miami, USA
- 15. РНИМУ
- 16. DNARNAphenotypeproteinРНИМУ
- 17. DNARNAcDNAESTsUniGenephenotypegenomicDNAdatabasesprotein sequence databasesproteinРНИМУ
- 18. РНИМУСеквенирование ДНКВ конце 1970-х годов был открыт
- 19. gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattgccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagctctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaagaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccgccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaaagacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataaattttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaataatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccgagagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattctttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacagaacaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatctacgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacagctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaaaacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgatacctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccgagctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttactatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccgacagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgctatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaaacgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttcactaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttacccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataaactcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaaggattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacctctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttacctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataaРНИМУ
- 20. РНИМУШкала ДНК пар оснований и компьютерных данных
- 21. РНИМУУвеличение количества известных последовательностей ДНК
- 22. Время развитияТкани и органы, физиология, фармакология, патологияВторой уровень: организмРНИМУ
- 23. After Pace NR (1997) Science 276:734 Третий уровень: древо жизниРНИМУ
- 24. РНИМУРесурсы и инструменты
- 25. РНИМУКомпьютерные инструментыпользователиразработчики
- 26. Биологические базы данныхБаза данных — совокупность данных,
- 27. Задачи:Проведение массивных вычислений, анализ и предсказание в
- 28. Увеличивается потребность для использования баз, содержащих биологические
- 29. Текст. Примеры текстовых баз данных PubMed или
- 30. Связи. Большинство баз данных содержит информацию относительно
- 31. Данные о последовательности. GenBank и UniProt –
- 32. Журнал Nucleic acid research. Database issue (первый
- 33. http://www.oxfordjournals.org/nar/database/a/РНИМУКоллекции баз данных
- 34. Последовательности нуклеотидовПоследовательности РНКБелковые последовательностиСтруктурыГеномика (беспозвоночные)Метаболические и сигнальные
- 35. http://www.insdc.org/РНИМУОбмен последовательностями между всеми базами данных нуклеотидных
- 36. National Center for Biotechnology Information (NCBI)www.ncbi.nlm.nih.govРНИМУ
- 37. РНИМУКакие данные?
- 38. Поисковый сервис National Library of Medicine
- 39. gQuery глобальная система поиска во всех базах
- 40. РНИМУ
- 41. Номер доступа (accession number) это обозначение
- 42. Что такое номер доступа?Номер доступа (accession number)
- 43. RefSeq проект NCBI:«лучшие представители» последовательностейRefSeq (доступен через
- 44. Доступ к последовательности: Entrez Gene NCBIEntrez
- 45. Введем “beta globin” На главной странице NCBI и нажмем “Search”РНИМУ
- 46. РНИМУИдем по ссылке “Gene”
- 47. Результаты поиска в GeneРНИМУ
- 48. Entrez Gene:Полезное резюме и ссылки на другие базы данныхРНИМУ
- 49. РНИМУ
- 50. Страница “Gene” NCBI предоставляет следующую полезную информациюГеномный
- 51. РНИМУEntrez Protein:accession, organism,literature…GI (GenInfo Identifier)
- 52. Entrez Protein:…особенности белка и его последовательность в однобуквенном кодеРНИМУ
- 53. Название аминокислот и их трех- и однобуквенный кодРНИМУ
- 54. Entrez Protein:Можно изменить вид предоставляемой информацииРНИМУ
- 55. РНИМУ
- 56. FASTA формат:Универсальный, компактный текстовый формат.После одной строки заголовка следуют строки нуклеотидов или аминокислот в однобуквенном кодеРНИМУ
- 57. Форматы представления данныхFASTA однобуквенная последовательность ДНК или белкаFASTQ ДНК
- 58. FASTQ форматСостоит из 4-х линийhttp://maq.sourceforge.net/fastq.shtmlпоследовательность (как FASTA)Оценка качества (per base)Идентификатор последовательностиРНИМУ
- 59. Геномная ДНК организована в хромосомы. Геномные браузеры
- 60. РНИМУ
- 61. Вывод Ensembl дляbeta globin включает вид хромосомы
- 62. UCSC Genome BrowserРНИМУ
- 63. всесторонний, высококачественный и свободно доступный ресурс по последовательностям белков и информации о их функциях.РНИМУhttp://www.uniprot.org
- 64. РНИМУhttp://www.pdb.orgPDB – Protein data bank. База данных
- 65. InterPro классифицирует последовательности на уровне суперсемейств, семейств
- 66. Human proteom project: Human Protein Atlas http://www.proteinatlas.org/1000
- 67. РНИМУ
- 68. РНИМУ
- 69. РНИМУ
- 70. Genome-wide association studies (GWAS)РНИМУ
- 71. РНИМУ
- 72. РНИМУ
- 73. РНИМУПолезные инструменты и ресурсыhttp://www.netsci.org/Resources/Software/index.htmlhttp://en.wikipedia.org/wiki/Category: Bioinformatics_softwarehttp://www.bioinformatics.orgSoftware and Databases for Computational Biology on the Internet:http://www.cbcb.umd.edu/~salzberg/appendixa.htmlhttp://www.bioinformatics.ruFireFox toolbar (BioFox, BioBar)sci-hub
- 74. J. Pevsner. Bioinformatics and functional genomics. 2015.А.Леск
- 75. Скачать презентанцию
Создана в 2014 году для преподавания биоинформатики и связанных с ней дисциплин студентам Университета и является первой кафедрой биоинформатики в российских медицинских вузах. Направление научных интересов кафедры лежит в области объединения
Слайды и текст этой презентации
Слайд 1Введение в биоинформатику
Биологические базы данных
Алексей Александрович Лагунин,
(зав.
кафедрой биоинформатики МБФ, д.б.н., профессор РАН)
Михайлович Иванов(преподаватель)
Комнаты 113, 117
Слайд 2Создана в 2014 году для преподавания биоинформатики и связанных с
ней дисциплин студентам Университета и является первой кафедрой биоинформатики в
российских медицинских вузах.Направление научных интересов кафедры лежит в области объединения подходов и методов системной биологии, хемо- и биоинформатики в медико-биологических исследованиях и компьютерном конструировании лекарств.
Научная база: отдел биоинформатики ФГБУ НИИ биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича (http://www.ibmc.msk.ru/ru/departments/60)
РНИМУ
Кафедра биоинформатики МБФ
Слайд 3- Разработка и использование методов анализа «структура-активность» в компьютерной токсикологии
и конструировании лекарств.
- Использование методов системной биологии для поиска лекарственных
мишеней.- Использование дескрипторов нуклеотидных и аминокислотных остатков для анализа сходства и функциональных особенностей биологических последовательностей.
- Предсказание лекарственно-индуцированной генной экспрессии и ее использование для анализа возможных фармакологических эффектов лекарств.
РНИМУ
Научно-практические направления работы
Слайд 5 Определить понятия и термины используемые в биоинформатике
Научиться
взаимодействовать со специализированными базами данных и интернет-ресурсами
Изучить основные принципы
и методы биоинформатикиПолучить практические навыки работы с программами, применяемыми в биоинформатике
Цели курса:
РНИМУ
Слайд 6http://www.bisti.nih.gov/docs/CompuBioDef.pdf
1. Биоинформатика применяет принципы информационных наук и технологий, чтобы сделать
огромные, разнообразные и сложные данные наук о жизни более понятными
и полезными.2. Исследование, разработка или применение вычислительных средств и подходов для расширения использования биологических, медицинских и поведенческих данных, а так же для пополнения, хранения, организации, анализа или визуализации таких данных.
РНИМУ
Определение дисциплины
Слайд 7Биоинформатика — совокупность методов и подходов, включающих в себя:
математические методы
компьютерного анализа в сравнительной геномике (геномная биоинформатика)
разработку алгоритмов и программ
для предсказания пространственной структуры белков (структурная биоинформатика)исследование стратегий, соответствующих вычислительных методологий, а также общее управление информационной сложности биологических систем
В биоинформатике используются методы прикладной математики, статистики и информатики. Биоинформатика используется в биохимии, биофизике, медицине, генетике, экологии и в других областях.
РНИМУ
Биоинформатика
Слайд 8РНИМУ
Снижение стоимости получения данных
Увеличение скорости получения данных
Увеличение количества данных
Улучшение доступности
данных
Развитие биоинформатики
Слайд 10РНИМУ
Цикл накопления знаний
Анализ геномов
Интеграция данных
Анализ данных
База данных
Узкое место
Интеграция знаний
Область применения
биоинформатики
Слайд 11Фармакологические исследования
Секвенирование ДНК (РНК) вируса
РНИМУ
Гипотетический биоинформатический процесс
Скрининг генома по БД
Поиск
белка-мишени (репликация, сборка и т.п.)
Моделирование 3D структуры белка (гомологичное, ab
initio) Поиск сайтов белка
Поиск или создание молекулы для блокирования сайта
Новый вирус!!!
Слайд 18РНИМУ
Секвенирование ДНК
В конце 1970-х годов был открыт относительно быстрый метод
расшифровки последовательности оснований в ДНК (Sanger)
Секвенирование — определение аминокислотной (белки)
или нуклеотидной (ДНК / РНК) последовательности.
Слайд 19gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
РНИМУ
Слайд 22Время
развития
Ткани и органы, физиология,
фармакология, патология
Второй уровень: организм
РНИМУ
Слайд 26Биологические базы данных
База данных — совокупность данных, систематизированных таким образом,
чтобы они могли быть найдены и обработаны с помощью ЭВМ
Слайд 27Задачи:
Проведение массивных вычислений, анализ и предсказание в любой области исследовательского
интереса (Например, изучение последовательности белка, его структурный анализ, термостабильность, специфичность
связывания его с ДНК и т.п.)Проверка доступности данных для любых новых научных исследований
Сравнение экспериментальных данных с существующими данными
…
РНИМУ
Приложения и назначение биологических баз данных:
Слайд 28Увеличивается потребность для использования баз, содержащих биологические данные -> необходима
обработка
Типы биологических данных сильно варьируют (нуклеотиды, белки, геномы, таксономии
и т.п.)Содержимое в однотипных базах данных может быть представлено по разному, иметь разные форматы файлов и т.п. -> необходима адаптация данных
БД могут значительно отличаться по структуре – необходимы интерфейсы
РНИМУ
Проблемы
Слайд 29Текст. Примеры текстовых баз данных PubMed или OMIM, содержащие текстовую
информацию и ссылки, связанные с биологическими данными.
Числовые данные. Например, данные
о генной экспрессии так же как другие данные получаемые с использованием microarray-технологии. Пример: база данных ArrayExpress европейского Института Биоинформатики (EBI) или GEO в NCBI.РНИМУ
Типы данных
Слайд 30Связи. Большинство баз данных содержит информацию относительно каких-либо последовательностей в
пределах определенной области интереса или предмета изучения. Различные типы баз
данных это, например, InterPro база данных, состоящая из коллекции связей белковых доменов и белковых семейств с другими базами данных, представляющими собой связанные ресурсы.Изображения. В области изучения двумерного гель-электрофореза или микроскопических изображений Существуют различные базы данных, содержащие данные о, например, идентификации элемента геля на референтном или изучаемом изображении.
РНИМУ
Типы данных
Слайд 31Данные о последовательности. GenBank и UniProt – примеры биологических баз
данных, содержащих ДНК и последовательности белка, соответственно
Структура белка. Например, базы
данных связанные с определенными файлами структуры белка как PDB, SCOP и CATH базы данныхРНИМУ
Типы данных
Слайд 32Журнал Nucleic acid research. Database issue (первый выпуск каждого года)
публикует список баз данных, покрывающих различные аспекты молекулярной и клеточной
биологии.Он доступен для свободного доступа по адресу http://nar.oupjournals.org/
+ http://en.wikipedia.org/wiki/Biological_database
РНИМУ
Коллекции баз данных
Слайд 34Последовательности нуклеотидов
Последовательности РНК
Белковые последовательности
Структуры
Геномика (беспозвоночные)
Метаболические и сигнальные пути
Геномы человека и
других позвоночных
Гены человека и заболевания
Данные экспериментов микромассивов (Microarray) и другие
базы по экспрессии геновПротеомные ресурсы
Иные молекулярно-биологические базы данных
Клеточные органеллы
Растения
Иммунология
Клеточная биология
РНИМУ
Категории баз данных
Слайд 35http://www.insdc.org/
РНИМУ
Обмен последовательностями между всеми базами данных нуклеотидных последовательностей производится ежедневно,
поэтому в каждой из них постоянно содержится актуальная информация
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
http://www.ebi.ac.uk/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Слайд 38 Поисковый сервис National Library of Medicine (NLM)
28 млн.
ссылок в MEDLINE (2018)
связь с online журналами
Как использовать
PubMed: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
или через NLM:
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html
Ключевые особенности NCBI: PubMed
РНИМУ
Слайд 39gQuery глобальная система поиска во всех базах
NCBI
интегрирует…
научную литературу;
базы данных по последовательностям ДНК и белков;
данные
по 3D структурам белков; наборы данных популяционных исследований;
сборки полных геномов.
Ключевые особенности NCBI:
поисковая система gQuery
РНИМУ
Слайд 41Номер доступа (accession number)
это обозначение для последовательности
NCBI включает базы
данных (такие как GenBank), которые содержат информацию о последовательностях ДНК,
РНК и белковВы можете получить информацию, начиная с такого
запроса как имя интересующего белка или гена,
последовательность нуклеотидов ДНК, представляющих интерес
Последовательности ДНК и другие молекулярные данные помечены номерами доступа, которые используются для идентификации последовательности или иной записи, относящейся к данным о молекулах
РНИМУ
Слайд 42Что такое номер доступа?
Номер доступа (accession number) это метка, используемая
для идентификации последовательности.
Это строка из букв и/или цифр, которая
однозначно соответствует молекулярной последовательности. Примеры:
X02775 GenBank genomic DNA sequence
NG_000007.3 RefSeqGene
rs192792910 dbSNP (single nucleotide polymorphism)
AA970968.1 An expressed sequence tag (EST) (1 of 2,345)
NM_000518.4 RefSeq DNA sequence (from a transcript)
NP_000509.1 RefSeq protein
CAA00182.1 GenBank protein
Q14473 SwissProt protein
1YE0|B Protein Data Bank structure record
protein
DNA
RNA
РНИМУ
Слайд 43RefSeq проект NCBI:
«лучшие представители» последовательностей
RefSeq (доступен через главную страницу NCBI)
Обеспечивает
доступ к экспертно курированной последовательности, которая соответствует ее самой стабильной,
согласованной «эталонной» версии.RefSeq идентификаторы включают следующие форматы:
Complete genome NC_######
Complete chromosome NC_######
Genomic contig NT_######
mRNA (DNA format) NM_###### e.g. NM_000518
Protein NP_###### e.g. NP_000509
РНИМУ
Слайд 44Доступ к последовательности:
Entrez Gene NCBI
Entrez Gene содержит ключевую информацию
по каждому гену/белку из основных баз данных NCBI.
RefSeq предоставляет курируемый
номер доступа для каждой ДНК (NM_000518.4 для ДНК бета глобина, соответствующей мРНК) или белка (NP_000509.1).РНИМУ
Слайд 50Страница “Gene” NCBI предоставляет следующую полезную информацию
Геномный контекст
Библиография
Фенотипическое проявление
Gene Ontology
(принципы организации биологических процессов, молекулярная функция, клеточный компонент)
Референтные последовательности
Дополнительные (не
RefSeq последовательности)Много, много ссылок на NCBI ресурсы (e.g. HomoloGene)
Много ссылок на внешние ресурсы
РНИМУ
Слайд 56FASTA формат:
Универсальный, компактный текстовый формат.
После одной строки заголовка следуют строки
нуклеотидов или аминокислот в однобуквенном коде
РНИМУ
Слайд 57Форматы представления данных
FASTA однобуквенная последовательность ДНК или белка
FASTQ ДНК последовательность с оценкой
качества секвенирования каждого
основанияSAM Sequence Alignment/Map file (tab-delimited)
BAM сжатый двоичный вариант SAM
VCF variant call format (genomic variants; indels)
(См. genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html для следующих форматов:)
BED (Browser Extensible Data)a table including chromosome, start, end
WIG wiggle format (displays dense, continuous data)
GFF General Feature Format (tab separated)
Excel (.xls, .xlsx) подобные табличные форматы:
.txt tab-delimited text file (or space delimited)
.csv comma separated text file
РНИМУ
Слайд 58FASTQ формат
Состоит из 4-х линий
http://maq.sourceforge.net/fastq.shtml
последовательность (как FASTA)
Оценка качества (per base)
Идентификатор
последовательности
РНИМУ
Слайд 59Геномная ДНК организована в хромосомы. Геномные браузеры отображают идеограммы (картинки)
хромосом, с выбранным пользователем «треками аннотаций», которые отражают различные виды
информации (применительно к локализации области интереса в хромосоме).Три наиболее важных геномных браузера:
NCBI Map Viewer,
Ensembl
UCSC (University of California, Santa Cruz).
РНИМУ
Genome Browsers
Слайд 61Вывод Ensembl для
beta globin включает вид хромосомы 11 (вверху), участок
(в середине), и детальный вид (внизу).
Различные горизонтальные аннотационные треки
www.ensembl.org
РНИМУ
Слайд 63всесторонний, высококачественный и свободно доступный ресурс по последовательностям белков и
информации о их функциях.
РНИМУ
http://www.uniprot.org
Слайд 64РНИМУ
http://www.pdb.org
PDB – Protein data bank. База данных содержащая 3D структуры
отдельных макромолекул и их комплексов (в том числе с низкомолекулярными
соединениями).
Слайд 65InterPro классифицирует последовательности на уровне суперсемейств, семейств и подсемейств, предсказывает
возможные функциональные домены, повторы и важные сайты. Предсказывает белковые сигнатуры
"signatures" используя классификации и механизм автоматической аннотации белков и геномов.РНИМУ
http://www.ebi.ac.uk/interpro
Слайд 66Human proteom project: Human Protein Atlas http://www.proteinatlas.org/
1000 Genomes http://www.1000genomes.org/
ENCODE (ENCyclopedia
Of DNA Elements) http://www.genome.gov/encode/
Genome-wide association studies (GWAS): http://www.ebi.ac.uk/gwas/
COSMIC (Catalogue Of
Somatic Mutations In Cancer) http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/Human Microbiom project http://www.hmpdacc.org/
РНИМУ
Крупнейшие научные
проекты-генераторы биомедицинских данных
Слайд 73РНИМУ
Полезные инструменты и ресурсы
http://www.netsci.org/Resources/Software/index.html
http://en.wikipedia.org/wiki/Category:
Bioinformatics_software
http://www.bioinformatics.org
Software and Databases for Computational Biology on
the Internet:
http://www.cbcb.umd.edu/~salzberg/appendixa.html
http://www.bioinformatics.ru
FireFox toolbar (BioFox, BioBar)
sci-hub
Слайд 74J. Pevsner. Bioinformatics and functional genomics. 2015.
А.Леск Введение в биоинформатику
Ж.
Сетубал, Ж. Мейданис Введение в вычислительную молекулярную биологию
Э. МакКонки Геном
человекаУ. Клаг, М. Каммингс Основы генетики
Б. Нолтинг Новейшие методы исследования биосистем
И. Сарвилина, В. Каркищенко, Ю. Горшкова Междисциплинарные исследования в медицине
М.А.Каменская Информационная биология
С.Примроуз, Р.Тваймен Геномика. Роль в медицине
Р.Дурбин, Ш.Эдди, А.Крог., Г.Митчисон Анализ биологических последовательностей
М.Бордовский, С.Екишева Задачи и решения по анализу биологических последовательностей
Б.Хаубольд, Т.Вие Введение в вычислительную биологию. Эволюционный подход
РНИМУ
Литература:
