Биоорганическая химия

в полипептидной цепи. Её определяют, последовательно отщепляя аминокислоты от белка

путём гидролиза.

полипептидной цепи в  – спиральную или  – складчатую

конформациию. Витки спирали или складки удерживаются, в основном, с помощью внутримолекулярный связей, возникающих между атомом водорода (в составе –NН- или –СООН-групп) одного витка спирали или складки и электроотрица-тельным атомом (кислорода или азота) соседнего витка или складки.

спирали или складчатой структуры в определённом объёме.
Различают глобулярную (шарообразную)
и

фибриллярную (вытянутую, волокнистую)
третичную структуры.
Третичная структура формируется
автоматически, самопроизвольно и
полностью определяется первичной
структурой белка. При этом во
взаимодействие вступают боковые
радикалы аминокислотных остатков.
Стабилизация третичной структуры
осуществляется за счёт образования
между радикалами аминокислот водородных,
ионных, дисульфидных связей, а также благодаря
ван-дер-ваальсовым силам притяжения между
неполярными углеводородными радикалами.

– водородные связи,
3 – гидрофобные взаимодействия, 4 – дисульфидные

связи

отдельных полипептидных цепей и формирование структурно и функционально единого макромолекулярного

образования.
Образовавшаяся молекула - олигомер, а отдельные полипептидные цепи, из которых он состоит – протомеры, мономеры или субъединицы (их обычно чётное количество: 2, 4, реже 6 или 8).
Например, молекула гемоглобина состоит из двух – и двух – полипептидных цепей.
Каждая полипептидная цепь окружает группу гема – небелкового пигмента, придающего крови её красный цвет. Именно в составе гема находится катион железа, способный присоединять и транспортировать по организму необходимый для функционирования организма кислород.

Четвертичной структурой обладает около 5% белков, в том числе гемоглобин, иммуно-глобулины, инсулин, ферритин, почти все ДНК- и РНК-полимеразы.

Гексамер инсулина

Тетрамер гемоглобина

и отдельных аминокислот используют так называемые «цветные реакции».
Универсальная реакция на

пептидную группу – появление красно-фиолетовой окраски при добавлении к раствору белка ионов меди (II) в щелочной среде (биуретовая реакция).
Реакция на остатки ароматических аминокислот – тирозина и фенилаланина – появление желтой окраски при обработке раствора белка концентрированной азотной кислотой (ксантопротеиновая реакция).
Серусодержащие белки дают черное
окрашивание при нагревании с раствором
ацетата свинца(II) в щелочной среде
(реакция Фоля).
Общая качественная реакция
-аминокислот — образование сине-
фиолетового окрашивания при
взаимодействии с нингидрином.
Нингидриновую реакцию дают также и белки.

и фибриллярные);
– по молекулярной массе (низко- и высокомолекулярные);
– по составу

или химическому строению (простые и сложные);
– по выполняемым функциям;
– по локализации в клетке (ядерные, цитоплазматические и др.);
– по локализации в организме (белки крови, печени и др.);
– по возможности адаптивно регулировать количество данных белков: белки, синтезирующиеся с постоянной скоростью (конститутивные), и белки, синтез которых может усиливаться при воздействии факторов среды (индуцибельные);
– по продолжительности жизни в клетке (от очень быстро обновляющихся белков, с периодом полупревращения менее 1 ч, до очень медленно обновляющихся белков, период полупревращения которых исчисляют неделями и месяцами);
– по схожим участкам первичной структуры и родственным функциям (семейства белков).

приходится на альбумины; еще одна функция – транспорт жирных кислот.

Глобулины. -Глобулины содержатся в крови в комплексе с билирубином и с липопротеинами высокой плотности. Фракция β-глобулинов включает протромбин, являющийся предшественником тромбина - белка, ответственного за превращение фибриногена крови в фибрин при свертывании крови. -Глобулины выполняют защитную функцию.
Протамины – низкомолекулярные белки, обладающие выраженными основными свойствами, обусловленными наличием в их составе от 60 до 85% аргинина. В ядрах клеток ассоциируются с ДНК.
Гистоны также являются небольшими белками основного характера. В их состав входят лизин и аргинин (20-30%). Гистоны играют важную роль в регуляции экспрессии генов.
Проламины - белки растительного происхождения, содержатся в основном в семенах злаков. Все белки этой группы при гидролизе дают значительное количество пролина. Проламины содержат 20-25% глутаминовой кислоты и 10-15% пролина. Наиболее изучены оризенин (из риса), глютенин (из пшеницы), зеин (из кукурузы), и др.
Глютелины - простые белки, содержатся в семенах злаков, в зелёных частях растений. Для глютелинов характерно сравнительно высокое содержание глутаминовой кислоты и наличие лизина. Глютелины – запасные белки.

(лимитируется) скоростью ее наиболее медленной стадии, а скорость составляющих элементарных

реакций — их энергией активации Еа.
Все метаболические реакции протекают в присутствии специфических катализаторов – ферментов, снижающих энергию активации реакции.
Н2О + СО2 ↔ Н2СО3 ↔ HCО3– + Н+
Одна молекула фермента карбоангидразы катализирует каждую минуту гидратацию 3,6107 молекул СО2.

частица) .
Субстрат - вещество, в котором у атома углерода

происходит разрыв старой и образование новой связи с образованием продуктов реакции.
Белок + nН2О  полипептиды  олигопептиды 
 дипептиды  -аминокислоты








Полное отсутствие, снижение или чрезмерное увеличение активности какого-либо фермента приводит к развитию заболеваний (энзимопатий).
Определение активности ферментов в сыворотке крови, моче, спинно-мозговой и других жидкостях организма используется для диагностики ряда заболеваний.

мочевины уреазой.
Групповая (относительная) специфичность – катализ субстратов с общими структурными особенностями, т.е.

при наличии определенной связи или химической группы:
– наличие пептидной связи: бактериальный фермент субтилизин специфичен к пептидной связи независимо от строения образующих ее аминокислот, пепсин катализирует разрыв пептидной связи, образованной аминогруппами ароматических аминокислот, тромбин расщепляет пептидную связь только между аргинином и глицином.
– наличие ОН-группы: алкогольдегидрогеназа  окисляет до альдегидов одноатомные спирты (этанол, метанол, пропанол).
Стереоспецифичность – катализ только одного из стереоизомеров:
– специфичность к L- или D-аминокислотам – например, почти все ферменты человека взаимодействуют с L-аминокислотами,
– специфичность к цис- и транс-изомерам: например, аспартаза реагирует только с транс-изомером – фумаровой кислотой, но не с малеиновой кислотой (цис-изомер).

Специфичность ферментативного катализа

перчатка».
3. Теория вынужденного индуцированного соответствия субстрата и активного центра
или

теория гибких эластичных групп активного центра.

фермент

фермент-субстратный фермент продукт
комплекс

фермент фермент-субстратный фермент продукт
комплекс

субстрат

температуры
фермент
фермент после тепловой денатурации

витамин В2
Коферменты некоторых монооксигеназ содержат витамин С

и радикалов.






Кофермент
ацилтрансфераз
HSКоА содержит
пантотеновую кислоту

имеют более простое строение, чем субстрат. Подклассы гидролаз: эстеразы, фосфатазы,

гликозидазы, пептидазы.

отщепления - присоединения различных групп от субстратов негидролитическим путем. Эти

реакции сопровождаются образованием двойной связи и выделением таких простейших продуктов, как СО2, H2O, NH3 и т.д.

Коферментом декарбоксилаз является пиридоксальфосфат – активная форма витамина В6

молекул с использованием энергии распада АТФ или других веществ.