Слайд 1Кружок «Основы молекулярной генетики»
Молекулярные основы наследственности.
Реализация наследственной информации:
репликация, транскрипция, трансляция,
генетический код.
Слайд 2Молекулярные основы наследственности.
1. Центральная догма молекулярной биологии.
Типы переноса генетической
информации в живых системах: общий, специализированный, запрещенный.
2. Репликация, определение, принципы.
3.
Основные ферменты, участвующие в репликации и их функции.
4.Транскрипция. Механизмы транскрипции у про- и эукариот.
5. Процессинг и сплайсинг. Альтернативный сплайсинг.
6. Трансляция. Механизмы трансляции
7. Особенности биосинтеза белков у про- и эукариот
Слайд 3Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Репликация
Транскрипция
Трансляция
Обратная
транскрипция
Репликация
РНК
Только РНК-вирусы
Ретро-РНК-вирусы
Другие организмы тоже получили от них этот фермент
и используют в некоторых случаях
Слайд 5ДНК
РНК
белок
Матричные синтезы, разрешенные по центральной догме
Не обнаружен
Слайд 6Запрещенные
матричные синтезы
Белки никогда не бывают матрицами
Слайд 7Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Репликация
Транскрипция
Трансляция
Обратная
транскрипция
Репликация
РНК
Слайд 82. Репликация ДНК
Универсальный биологический процесс передачи генетической информации в поколениях
клеток и организмов, благодаря созданию точных копий ДНК.
ДНК –
единственная молекула клетки, способная к самоудвоению.
Скорость репликации:
У прокариот – 1000 нуклеотидов /сек
У эукариот – 100 нуклеотидов /сек
(медленнее, потому что ДНК сложно упакована – нуклеосомы и другие уровни упаковки)
Слайд 9Место репликации в клеточном цикле
Репликация ДНК всегда предшествует делению клетки.
Репликация
S-период
(Synthesis)
Интерфаза
Деление
Каждая
дочерняя клетка получает точную копию всей ДНК
Слайд 11Принципы репликации
1. Полуконсервативность
2. Комплементарность
3. Антипараллельность
4. Униполярность
5. Прерывистость
Слайд 12
Полуконсервативность – каждая исходная (материнская) цепь ДНК выступает в качестве
матрицы для синтеза дочерней цепи
Полуконсервативный
Консервативный
Дисперсионный
Слайд 13Т.Е. дочерняя молекула получает одну нить от материнской ДНК,
а
вторую синтезирует вновь
Дочерняя цепь
Слайд 14Комплементарность
Вновь синтезируемая ( дочерняя) цепь ДНК строится по принципу комплементарности.
В состав растущей цепи включается тот нуклеотид , который комплементарен
нуклеотиду родительской цепи (аденин с тимином, гуанин с цитозином).
Материнская Дочерние ДНК
ДНК
5‘ АТГТЦ 3‘
3‘ ТАЦАГ 5'
5‘ АТГТЦ 3‘
3‘ ТАЦАГ 5‘ 5‘ АТГТЦ 3‘
3‘ ТАЦАГ 5'
Слайд 15Антипараллельность – синтез дочерней цепи ДНК происходит в противоположном от
материнской цепи направлении
Слайд 16Униполярность:
Удвоение цепи ДНК идет в направлении от 5` конца к
3` концу, следовательно новый нуклеотид присоединяется к 3 ` концу
растущей цепи.
5' 3'
Слайд 18Репликон – расстояние между двумя сайтами начала репликации ori ~
100 тыс. н.п.
У прокариот вся кольцевая молекула – один репликон
Прерывистость
репликации
Репликация может идти одновременно в нескольких местах молекулы ДНК.
Слайд 19Прерывистость репликации
ДНК одной хромосомы
ori
ori
Репликативные вилки
Слайд 20Репликативная вилка
3'
5'
3'
3'
Запаздывающая цепь
Лидирующая цепь
Направление движения вилки
Фрагменты Оказаки
Слайд 21Репликация ДНК
Скорость репликации огромна, т.к. реакция идет в нескольких местах
одновременно – ориджины репликации.
Сайты репликации, ограниченные двумя ориджинами – репликонами.
В
ориджинах идет двунаправленная репликация до встречи репликонов (модель катящихся колец)
Слайд 24
ДНК ТОПОИЗОМЕРАЗА – фермент, изменяющий степень сверхспиральности, возникающее при раскручивании
двух цепей в репликативной вилке
ДНК ГеликазА – Фермент разделяющий цепи
двухцепочечной ДНК на одинарные
праймаза – фермент, обладающий РНК – полимеразной активностью; служит для образования РНК-праймеров, необходимых для инициации синтеза ДНК
ДНК ПОЛИМЕРАЗА – синтезирует новую цепь ДНК по принципу комплементарности
ДНК ЛИГАЗА – фермент, образующий фосфодиэфирную связь между двумя полинуклеотидами
SSB (single-strand binding protein)-белки –связывающиеся с одноцепочечными нитями ДНК и предотвращают комплементарное спаривание
3. Основные ферменты репликации
Слайд 26Репликация ДНК
Количество раундов репликации ДНК (а значит число возможных делений
клетки) зависит от длины теломерных участков на концах хромосом (
-GGGTTA -)n.
После каждого раунда репликации теломерные участки укорачиваются (нет фермента, способного достраивать цепь 35 на месте удаленного 5”- праймера)
В активно пролиферирующих клетках фермент теломераза (РНК –зависимая) синтезирует теломерные повторы. Последовательность РНК служит матрицей для синтеза теломерных участков.
Слайд 27Репликация ДНК
ДНК- полимеразы D и e делают 1 ошибку на
105 - 106 нуклеотидов (ДНК-полимераза a ошибается чаще).
Полимеразы способны редактировать
свои ошибки, обладая кроме полимеразной еще двумя видами гидролазной активности (экзо- и эндонуклеазной). Поэтому фермент узнает ошибочно встроенные нуклеотиды и удаляет их.
Слайд 29Репликация ДНК
Ошибки в ДНК (мутации) возникают спонтанно (ошибки репликации, дезаминирование
нуклеотидов, депуринизация ДНК и т.д.)
Индуцируются мутагенными факторами (физическими, химическими). Например,
димеризация тимина под влиянием УФО.
Слайд 30Репликация ДНК
Комплекс ферментов репарации узнает и вырезает поврежденные и химически
измененные нуклеотиды,
ДНК-полимераза b встраивает комплементарные нуклеотиды (если матрица сохранна!),
ДНК-лигаза сшивает
3-ОН и 5-ОР концы.
Слайд 32Значение для медицины
Иногда в растующую цепь случайно вклинивается
неправильное основание, однако у здоровых клеток присутствует пострепликационные репаративные ферменты,
которые исправляют подобные ошибки.
Патология пострепликационных механизмов репарации иногда обусловливает предрасположенность пациентов к некоторым онкологическим заболеваниям.
Слайд 33Выводы по репликации ДНК
В результате репликации каждая дочерняя клетка получает
точную копию всей ДНК содержавшейся в материнской клетке.
ДНК всех клеток
одного организма – одинаковая, как по количеству молекул, т.е. хромосом, так и по их нуклеотидному составу.
Слайд 34Проблема укорочения концов у линейных ДНК
Сформулирована – А.М. Оловников, 1971
При
каждой репликации новые цепи должны укорачиваться с 5‘ концов
Почему? –
Там выедается РНК-затравка, а достроить брешь ДНК-полимераза не может – нет спаренного конца.
При каждом делении хромосома теряет 50 н.п. на концах – теломерах.
Слайд 35Гипотеза Оловникова
Укорочение концов – это внутренние часы, отмеряющие время жизни
многоклеточного организма – число отпущенных ему делений, начиная с зиготы.
Как
только теломеры «закончатся» – клетка больше не делится и погибает.
Слайд 36Но почему тогда клетки зародышевой линии делятся бесконечно?
Оловников: должен существовать
механизм удлинения концов хромосом.
Теломераза – фермент, надстраивающий концы хромосом, содержит
РНК длиной 150 нуклеотидов и осуществляет обратную транскрипцию
Теломераза и обратная транскриптаза – родственные белки, гомологичные по структуре и топологии.
Слайд 37Теломераза
фермент, надстраивающий концы хромосом, содержит РНК.
удлинение происходит путем
обратной транскрипции:
РНК
→ ДНК
На концах хромосом находятся длинные некодирующие повторы 5’ –
ГГТ ТАГ – 3’
10-15 тысяч н.п. у человека
Слайд 38Теломераза активна в клетках
зародышевого пути
эмбриональных
стволовых
раковых
– поэтому они бессмертны
Теломераза неактивна
в соматических клетках –
ген для нее там, конечно же, есть, но выключен
Слайд 39Значение для медицины
После каждого клеточного цикла теломеры укорачиваются на один
повтор, а следовательно, количество делений клетки ограничено числом повторов в
теломерной цепи. Согласно этому бесконечный рост и деление опухолевых клеток происходят из-за присутствия активных мутантных теломераз, которые препятствуют разрушению теломер.
Слайд 404.Транскрипция.
Механизмы транскрипции у про- и эукариот.
Транскрипция - это первый
этап реализации генетической информации,
при котором в клетках осуществляется биосинтез
РНК на матрице ДНК,
т.е. переписывание информации о структуре белка с ДНК на специальный посредник –
м РНК.
Слайд 41Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Репликация
Транскрипция
Трансляция
Обратная
транскрипция
Репликация
РНК
Слайд 42Транскрипция
Считывание информации с ДНК-матрицы на РНК, синтез тРНК, иРНК, рРНК
с помощью одной полимеразы (у прокариотов) или трех (у эукариотов).
Не
связана с определенным этапом клеточного цикла. Предшествует трансляции – синтезу белка.
Слайд 43Транскрипция
Механизм РНК – полимеразной реакции тот же, что и ДНК
– полимеразной, направление синтеза 53,
(субстратами служат нуклеозидтрифосфаты, аденину ДНК
комплементарен урацил в РНК).
РНК-полимераза не требует «затравки».
РНК – полимераза не редактирует свои ошибки.
У прокариот РНК-полимераза синтезирует все виды РНК, у эукариот РНК-полимераза I синтезирует т РНК,
II – м РНК, III – р РНК.
РНК-полимераза – олигомерный белок из 5 субъединиц (2 a b b s). Причем, s - субъединица – одинакова для всех полимераз и отвечает за связывание с промотором.
Слайд 44Транскрипция
В ДНК – матрице выделяют транскиптоны. Участки, ограниченные промоторами и
сайтами терминации, между которыми 1 структурный ген у эукариотов или
несколько – у прокариотов.
В каждом транскрипте есть информативные (экзоны) и неинформативные (интроны) сайты. в соответствии с таковыми в ДНК – матрице.
Слайд 45Строение гена эукариот, кодирующего белок
Ген ( в узком смысле
слова) – это участок ДНК,
в котором закодирована информация о
строении одного белка.
Ген в более широком смысле слова – это участок ДНК, который
кодирует первичную структуру белка, рРНК, тРНК,
или регулирует транскрипцию другого гена.
Промотор
Стартовая точка транскрипции (+1)
Экзон 1
Интрон 1
5’-лидер
Экзон 2
Интрон 2
Экзон 3
Интрон 3
Экзон 4
Окончание транскрипции
3’-трейлер
5’
3’
Термінатор
Транскриптон – участок гена, который транскрибируется
Участок, кодирующий полипептид
ТАТА-бокс
ЦААТ-бокс
ГЦ-мотив
Слайд 46Транскрипция
3 стадии транскрипции: инициация, элонгация и терминация.
Инициация синтеза начинается с
«узнавания» полимеразой промоторного сайта (не менее 25 нуклеотидов от начала
матрицы).
Промотор (примерно 40 нуклеотидов) ограничен -TATA- и –CAAT- боксами, узнаваемых соответствующими белками – регуляторами начала транскрипции.
Слайд 47Инициация транскрипции
Для формирование транскрипционной вилки (раскручивание одного витка спирали ДНК-матрицы)
к ТАТА-боксу присоединяется белковый фактор ТАТА
РНК-полимераза начинает синтез пре-РНК, после
присоединения 8-10 нуклеотидов s субъединица фермента (узнающая промотор) отсоединяется.
Слайд 48Элонгация транскрипции
Белковые факторы элонгации обеспечивают расплетение ДНК перед продвижением РНК-полимеразы
и восстановление двойной спирали позади нее.
Растущий РНК-транскрипт образует временную гибридную
(РНК-ДНК) молекулу.
Слайд 49Терминация транскрипции
При достижении РНК - полимеразой сайта терминации белковый фактор
терминации освобождает пре-РНК из комплекса с ДНК – матрицей.
К РНК
– полимеразе может вновь присоединяться s – субъединица и фермент вновь начнет транскрипцию с соответствующего промотора.
Слайд 50Особенности транскрипции у эукариот
Транскрипция
1. Кэп и поли-А-хвост
Созревание м-РНК
2.Сплайсинг
цитоплазма
Слайд 52ДНК одного гена
П
Т
Промотор
Терминатор
Интроны и экзоны
Интроны – вставки в эукариотические
гены, которые вырезаются после транскрипции из м-РНК
Экзоны – участки гена,
кодирующие белок. Только они остаются в составе м-РНК после вырезания интронов.
Транскрипция
Слайд 53ДНК одного гена
П
Т
Промотор
Терминатор
пре-
м-РНК
Транскрипция
Сплайсинг (вырезание интронов)
зрелая м-РНК
В зрелой м-РНК остаются
только экзоны
Слайд 54ДНК одного гена
П
Т
Промотор
Терминатор
пре-
м-РНК
Сплайсинг в клетке 1
зрелая м-РНК
Сплайсинг в клетке 2
Альтернативный
сплайсинг
Слайд 55Альтернативный сплайсинг
в разных органах
на разных стадиях развития
в
разных состояниях клетки
94% генов человека проходит альтернативный сплайсинг
Слайд 56Значение для медицины
Иногда в некоторых транскриптах обнаруживают альтернативные механизмы сплайсинга,
однако ошибки в данном процессе играют важную роль в развитии
многих генетических заболеваний.
Слайд 57Созревание РНК-транскриптов
Процессингу (созреванию) подвергаются все виды РНК (и, т, р).
А)
Ковалентная модификация 5- и 3- концов пре-РНК
Б) Сплайсинг (вырезание интронных
последовательностей)
Слайд 58Ковалентная модификация иРНК
Гуанилил-трансфераза присоединяет ГДФ к 5- ОР концу (5-О-Р-О-5
связь),
5 – кэпирование происходит еще на стадии элонгации. 5 -
кэп охраняет молекулу от действия экзонуклеаз, способствует инициации трансляции.
Метилтрансфераза образует N7- гуанин – CH3.
Поли - А – полимераза многократно (100-200 раз) аденилирует 3-ОН конец, что будет продлевать существование транскрипта в цитоплазме.
Все 3 фермента образуют комплекс с РНК-полимеразой II, работают только с претранскриптом иРНК.
Слайд 59СПЛАЙСИНГ иРНК
Сплайсинг: образование зрелой мРНК:
Вырезание интронных последовательностей (ограниченных AGGU- и
- GAGG- последовательностями) с помощью комплекса малых ядерных РНК и
белков. Формируются сплайсосомы: узнаются последовательности, вырезаются и сшиваются экзоны.
Альтернативный сплайсинг (из одного предшественника – разные зрелые мРНК)
Длина пре-иРНК – 5000 нуклеотидов, длина мРНК 500- 3000 нуклеотидов.
Слайд 626. Трансляция. Механизмы трансляции
Трансляция- это второй этап реализации генетической
информации. При этом происходит перевод наследственной информации с языка нуклеотидов
на язык аминокислот.
Слайд 63Центральная догма
ДНК
РНК
белок
Репликация
Транскрипция
Трансляция
Обратная
транскрипция
Репликация
РНК
Только РНК-вирусы
Ретро-РНК-вирусы
Другие организмы тоже получили от них этот фермент
и используют в некоторых случаях
Слайд 65Инициация – начало трансляции
Рибосома соединяется с иРНК и захватывает два
кодона (первый – инициальный -оказывается в пептидильном центре). К инициальному
триплету подходит тРНК с инициальным метионином.
Образуется инициальный комплекс- рибосома, инициальный триплет, тРНК
Слайд 66Элонгация – синтез полипептида.
Ко второму кодону иРНК подходит вторая
тРНК с аминокислотой. Если антикодон тРНК комплементарен кодону иРНК, две
аминокислоты соединяются пептидной связью.
Инициация
Элонгация
Р
А
Слайд 67Затем первая тРНК выходит из рибосомы, рибосома перемещается на один
триплет вперед. К этому триплету подходит новая тРНК с аминокислотой.
Если антикодон тРНК комплементарен кодону иРНК, то между двумя последними аминокислотами вновь образуется пептидная связь и процесс повторяется. Процесс продолжается до тех пор, пока рибосома не дойдет до стоп-кодона
Слайд 68Терминация трансляции
В аминоацильном центре оказывается нонсенс – кодон (UAG, UAA,
UGA) для которого нет соответствующей т РНК.
Факторы терминации (RF) освобождают
пептид от последней т РНК, гидролизуя ГТФ, рибосома диссоциирует на малую и большую субъединицы.
Слайд 69Терминация транскрипции –окончание.
Рибосома доходит до стоп-кодона. Синтез полипептида останавливается.
Стоп-кодон
Фолдинг
Слайд 70иРНК
Растущий
полипетид
старт
Полисома, или полирибосома — несколько рибосом, одновременно транслирующих одну молекулу
мРНК.
Слайд 71Значение для медицины
Знание белковых продуктов различных генов позволяет
успешно лечить многие болезни обмена посредством введения в организм недостающих
ферментов (лечение болезни Помпе) или недопущения поступления тех веществ, метаболический путь которых нарушен.
Например, основа лечения фенилкетонурии, причиной которой служат мутации гена фенилаланин-гидроксилазы, - диетотерапия, исключающая поступление в организм с продуктами питания аминокислоты фенилаланина.
Слайд 72Ингибиторы трансляции
Стрептомицин – препятствует связыванию формилметионин- т
РНК с рибосомой, нарушая инициацию трансляции. Связывается с белком малой
субъединицы рибосом и нарушает правильное считывание информации с м РНК.
Пуромицин связывается в А-участке рибосомы, конкурируя с аминоацил-т РНК и освобождает полипептид до завершения синтеза (как и тетрациклины)
Левомицетин соединяется с большой субъединицей и ингибирует пептидилтрансферазную реакцию.
Пенициллины и цефалоспорины нарушают процесс созревания белков клеточной стенки бактерий.
Эритромицин взаимодействует с большой субъединицей рибосом и препятствует элонгации синтеза белка.
Слайд 73Действие токсинов
Аманитин (токсин бледной поганки), циклический пептид, связывается с эукариотической
РНК-полимеразой II, блокируя синтез м РНК.
Рицин (токсин клещевины) является гликозилазой,
удаляющей аденин из большой субъединицы рибосом.
Дифтерийный токсин, является АДФ-рибозилтрансферазой, модифицирует фактор элонгации синтеза белка.
Слайд 76Опухолевые вирусы и онкогены
Некоторые опухолевые вирусы не содержат онкоген, но,
встраиваясь в хромосому рядом с протоонкогеном, активируют его, вызывая его
непрерывную активность
Поскольку протоонкогены, как варианты темпоральных генов, транскрибируют синтез эмбриональных белков, факторов роста и активно функционируют в ранние периоды жизни организма, обеспечивая его развитие от эмбриона до взрослого состояния,
то вероятность мутаций, вследствие увеличения чувствительности к химическим, физическим и другим факторам в них резко возрастает и они превращаются в онкогены
Слайд 77Превращение клеточных протоонкогенов
Превращение клеточных протоонкогенов в онкогены может происходить в
результате и в результате повышения уровня экспрессии протоонкогена,
В основе
изменения уровня экспрессии протоонкогенов могут лежать самые разнообразные процессы, такие как:
1. амплификация гена,
2.транслокация его под более сильный промотор другого гена,
3.транскрипция гена с промоторов интегрированных ретро вирусов и мобильных элементов.
Слайд 78Онкогенные вирусы
Установлено, что гены и даже целые участки хромосом высших
организмов могут иногда перемещаться с одного места на другое, от
вируса к бактериальной или животной клетке, изменяя смысл генов.
Оказалось, что такие явления наблюдаются и в организме человека.
Обнаружено, после включения ДНК онкогенных вирусов в хромосому клеток - хозяина некоторые вирусные гены продолжают транскрибироваться, другие находятся в неактивном состоянии.
Случается, что включение вирусной ДНК в геном клетки-хозяина приводит к трансформации клетки в опухолеподобное состояние.
Слайд 79Ретровирусы
Как показали исследования, во многих зрелых онкогенных РНК-содержащих вирусах (ретровирусы)
и в том числе в вирусах вызывающих лейкоз имеется фермент
РНК-зависимая ДНК-полимераза (т.е. обратная транскриптаза).
После внедрения вируса в клетку на вирусной РНК, как на матрице, под воздействием обратной транскриптазы синтезируется ДНК.
Вначале образуется гибридная молекула РНК-ДНК. Затем на одно-цепочечной молекуле ДНК синтезируется комплиментарная ей вторая полинуклеотидная цепь.
Вирусная ДНК затем интегрируется с геномом клетки-хозяина, т.е. целиком включается в ДНК клетки, образуя в ней группу вирусных генов в ряду собственных генов клетки.
В составе генома происходит транскрипция вирусной ДНК и синтезируется большое число вирусной РНК, с которой синтезируются вирусные белки. Затем из этих белков и РНК происходит самосборка вирионов ( см.фильм)
В ходе этих процессов, в частности при включении ДНК вирусов в геном клетки, происходит модификация структуры генов оперона, в том числе и протоонкогенов.
Слайд 80Онкогены
По фенотипическим проявлениям различают две группы онкогенов.
Одна группа -
ядерные (иммортелизующие) онкогены, приводящие к образованию доброкачественных опухолей и
вторая
группа - трансформирующие онкогены - канцерогенные, вызывающие злокачественные опухоли.
Как и протоонкогены, известны двадцать пять (25) видов онкогенов. Эффекты их проявляются попарно - по 2 из 25. Этим можно объяснить многообразие опухолей
Слайд 81Канцерогенез
Некоторые опухолевые вирусы не содержат онкоген, но, встраиваясь в хромосому
рядом с протоонкогеном, активируют его, вызывая его непрерывную активность ("вставочный"
канцерогенез).
Онкоген, внесенный в клетку вирусом, или возникший из протоонкогена в результате мутации, или выведенный из-под контроля сдерживающих генов хромосомной транслокацией контролирует синтез "онкобелка" с измененными свойствами.
Этот онкобелок и вызывает процессы, которые определяют характерное асоциальное поведение клетки.т.е приводят формированию раковых клеток.
Слайд 82Протеин р53
В последние годы найдено еще одно, по-видимому, наиболее
общее звено канцерогенеза - гены-супрессоры опухолей, подавляющие активность онкогенов.
Главный представитель
этих генов - ген, контролирующий синтез белка р53
Этот ген, вернее, его продукт р53 жестко контролирует активность протоонкогенов, разрешая ее только в строго определенные периоды жизни клетки, когда, например, надо, чтобы клетка вступила в процесс деления.
Слайд 83Протеин р53 и апоптоз
Протеин р53 контролирует также апоптоз, направляя
клетку к самоубийству, если у нее поврежден генетический аппарат -
ее ДНК.
Тем самым протеин р53 стабилизирует генетическую структуру клетки, предотвращая появление вредоносных мутаций, в том числе и опухолеродных.
Онкогены некоторых вирусов связывают р53 и инактивируют его,
это ведет к освобождению клеточных протоонкогенов, к отмене апоптоза и тем самым к накоплению жизнеспособных мутаций в клетке.
Многие, если не большинство опухолей человека возникают путем ступенчатой эволюции, в начале которой лежит инактивация гена р53 путем его случайной или индуцированной мутации
или инактивации вирусным онкогеном.