Разделы презентаций

Роль сателлитсвязывающих белков в высокоуровневой организации хроматина

Содержание

Уровни упаковки геномаДвойная спираль10 нм фибрилла30 нм фибриллаПетельные доменыФрагментконденсированнойхромосомыМетафазнаяхромосома2 нм 1х10 нм 6х30 нм фибрилла 40хПетельные домены 700хИнтерфаза?Из статьи:  Controlling the double helix Gary Felsenfeld and Mark Groudine Nature 421, 448-453

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1Роль сателлитсвязывающих белков в высокоуровневой организации хроматина

Роль сателлитсвязывающих белков в высокоуровневой организации хроматина

Слайд 2Уровни упаковки генома
Двойная спираль
10 нм фибрилла
30 нм фибрилла
Петельные домены
Фрагмент
конденсированной
хромосомы
Метафазная
хромосома
2 нм

1х
10 нм 6х
30 нм фибрилла 40х
Петельные домены 700х
Интерфаза
?
Из статьи: 
Controlling

the double helix
Gary Felsenfeld and Mark Groudine
Nature 421, 448-453
Уровни упаковки геномаДвойная спираль10 нм фибрилла30 нм фибриллаПетельные доменыФрагментконденсированнойхромосомыМетафазнаяхромосома2 нм 1х10 нм 6х30 нм фибрилла 40хПетельные домены

Слайд 3Хромосомы типа ламповых щеток

Хромосомы типа ламповых щеток

Слайд 4Доменная гипотеза организации эукариотического генома
Весь геном построен из однотипных блоков

- доменов, которые
могут включать один или несколько генов
Домены в целом

находятся под контролем особых регуляторных
систем, которые контролируют их транскрипционный статус на уровне
упаковки (более компактной или менее компактной) всего домена в
интерфазной хромосоме

Активный домен

Неактивный домен

Доменная гипотеза организации эукариотического геномаВесь геном построен из однотипных блоков - доменов, которыемогут включать один или несколько

Слайд 5Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by

establishing separate compartments of higher-order chromatin structure. (A) Domains of

open chromatin (yellow nucleosomes) are flanked by insulators (pink, blue and green spheres) that interact together to form a loop. (B) Diagram showing part of a nucleus with compartmentalized chromatin, anchored in part to the nuclear periphery by interactions of the insulators with the nuclear lamina (red lines).
Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by establishing separate compartments of higher-order chromatin structure.

Слайд 6Experimental approach
Nuclei
DNase I
0,2 M (NH4)2SO4
Nuclear matrix
Extraction
10mM TrisHCl pH=9,
EDTA, Triton X-100,

DTT
Q-sepharose
ion exchange
chromatography
SDS-

Gel mobility shift assay
(GMSA, retardation)
+
GMSA
Polyclonal
Antibodies
Immunoprecipitation
Immunoblotting
Hipershift in GMSA
Immunofluorescence
Affinity
Chromatography
MALDI
(mass

spectrometry)
Experimental approachNucleiDNase I0,2 M (NH4)2SO4Nuclear matrixExtraction10mM TrisHCl pH=9,EDTA, Triton X-100, DTTQ-sepharoseion exchangechromatographySDS-Gel mobility shift assay(GMSA, retardation) +GMSAPolyclonalAntibodiesImmunoprecipitationImmunoblottingHipershift

Слайд 7I. Mus musculus
II. Homo sapiens
Mus
Homo

I. Mus musculusII. Homo sapiensMusHomo

Слайд 8Saf-a/hnRNP U
a
b
c
d
Lobov et al., 2000

Saf-a/hnRNP UabcdLobov et al., 2000

Слайд 9- Saf-a IF
- satMa FISH
- DAPI
Lobov et al., 2000

- Saf-a IF- satMa FISH- DAPILobov et al., 2000

Слайд 10- Saf-a
- CENP-B
- DAPI

- Saf-a- CENP-B- DAPI

Слайд 11Saf-a/hnRNP U domain structure

Saf-a/hnRNP U domain structure

Слайд 12Saf-a/hnRNP U specifically interacts with
-actin in the nucleus
Actin and

hnRNP U cooperate for productive transcription by RNA Polymerase II
Kukalev

A et al., Nature, 2005
Saf-a/hnRNP U specifically interacts with -actin in the nucleusActin and hnRNP U cooperate for productive transcription by

Слайд 15DNase I
beads
+ nuclear
extract
Saf-a/hnRNP U co-precipitated with b-actin
SDS Page

DNase Ibeads+ nuclear extractSaf-a/hnRNP U co-precipitated with b-actinSDS Page

Слайд 16Actin binds Saf-a/hnRNP U in vivo
0.5 mM DSP
(dithiobis-
succinimidyl-
propionate)
Nuclear extract
preparation
8M Urea
DNase

I
Pull down

Actin binds Saf-a/hnRNP U in vivo0.5 mM DSP(dithiobis-succinimidyl-propionate)Nuclear extractpreparation8M UreaDNase IPull down

Слайд 17Saf-a/GFP fusion proteins
Saf-a FL
1-823 a/a

Saf-a/GFP fusion proteinsSaf-a FL1-823 a/a

Слайд 18Actin co-localised with fusion Saf-a-GFP in HeLa cells
Saf-a FL/pEGFP-N1
-Actin/Fibrillarin
Merged

Actin co-localised with fusion Saf-a-GFP in HeLa cellsSaf-a FL/pEGFP-N1-Actin/FibrillarinMerged

Слайд 19Saf-a N1-12/GFP fusion protein
Saf-a N1-12
1-250 a/a - DNA-binding region
Saf-a 21-22/pEGFP-N1
DAPI
Merged

Saf-a N1-12/GFP fusion proteinSaf-a N1-121-250 a/a - DNA-binding regionSaf-a 21-22/pEGFP-N1DAPIMerged

Слайд 20Saf-a 21-22/GFP fusion protein
Saf-a 21-22
250-550 a/a - middle part, potential

NTP binding domain
Saf-a 21-22/pEGFP-N1
DAPI
Merged

Saf-a 21-22/GFP fusion proteinSaf-a 21-22250-550 a/a - middle part, potential NTP binding domainSaf-a 21-22/pEGFP-N1DAPIMerged

Слайд 21Saf-a 31-N3/GFP fusion protein
Saf-a 31-N3
550-823 a/a - RNA-binding region
Saf-a 31-N3/pEGFP-N1
DAPI
Merged

Saf-a 31-N3/GFP fusion proteinSaf-a 31-N3550-823 a/a - RNA-binding regionSaf-a 31-N3/pEGFP-N1DAPIMerged

Слайд 22QRTQK motif presents in other nuclear and cytoplasmic proteins

QRTQK motif presents in other nuclear and cytoplasmic proteins

Слайд 23DNase fingerprinting
GMSA
Southwestern blot
Lobov et al., 2001
Saf-a/hnRNP U DNA binding

DNase fingerprintingGMSASouthwestern blotLobov et al., 2001Saf-a/hnRNP U DNA binding

Слайд 24Computer models of CEN and periCEN DNA fragments
Ulanovsky L.E., Trifonov

E.N. 1987
Estimation of wedge components in curved DNA
Nature 326:720-726

Computer models of CEN and periCEN DNA fragmentsUlanovsky L.E., Trifonov E.N. 1987Estimation of wedge components in curved

Слайд 27c
b
a
Lobov et al., 2001

cbaLobov et al., 2001

Слайд 2880 Kb CEN region of NeoCEN10
CEN models
Sullivan et al., 2001

80 Kb CEN region of NeoCEN10CEN modelsSullivan et al., 2001

Слайд 29Podgornaya et al., 2003

Podgornaya et al., 2003

Слайд 30Identifying Functional Neighborhoods within the Cell Nucleus: Proximity Analysis of

Early S-Phase
Replicating Chromatin Domains to Sites of Transcription, RNA

Polymerase II, HP1γ, Matrin 3 and SAF-A
Malyavantham ……Berezney, J Cell Biochem. 2008
Identifying Functional Neighborhoods within the Cell Nucleus: Proximity Analysis of Early S-Phase Replicating Chromatin Domains to Sites

Слайд 31transcription
site
HP1γ
euchromatin

transcription siteHP1γeuchromatin

Слайд 32Multiple
Alignment
Rod-domain like motifs
in TRF2
Voronin et al., 2003
rod domen
TRF2 sp

domen

Multiple AlignmentRod-domain like motifsin TRF2Voronin et al., 2003rod domenTRF2 sp domen

Слайд 33ЯМ человека связывает центромерную альфа-сателлитную ДНК
F
mM NaCl
Homo sapiens
LMP
HMP

ЯМ человека связывает центромерную альфа-сателлитную ДНКF mM NaClHomo sapiensLMPHMP

Слайд 34Mus musculus
ЯМ мыши связывает ДНК минорного сателлита
NEx
NM
E.coli/MiSat
50
75
75
50
50
150
50
75
75
75
50
50
150
50
75

Mus musculusЯМ мыши связывает ДНК минорного сателлитаNEx NM E.coli/MiSat50757550501505075757550501505075

Слайд 35Homo sapiens
ЯМ человека связывает прицентромерный сателлит 3

Homo sapiensЯМ человека связывает прицентромерный сателлит 3

Слайд 36Аффинная хроматография
Белок 70 кДа ЯМ человека связывает а-сат ДНК

Аффинная хроматографияБелок 70 кДа ЯМ человека связывает а-сат ДНК

Слайд 37Получение АТ
Поликлональные АТ распознают белки массой р80, р70 и р57

Получение АТПоликлональные АТ распознают белки массой р80, р70 и р57

Слайд 38Саузвестерн гибридизация
Среди белков, распознаваемых сывороткой именно р70 отвечает за связывание

с ДНК

Саузвестерн гибридизацияСреди белков, распознаваемых сывороткой именно р70 отвечает за связывание с ДНК

Слайд 39Выявление IFA детерминанты
Белок р70 обладает общей антигенной детерминантой с белками

промежуточных филаментов
а
205
116
97
84
66
55
45
36
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

Выявление IFA детерминантыБелок р70 обладает общей антигенной детерминантой с белками промежуточных филаментова2051169784665545361234567891011

Слайд 40P70 связывает а-сат ДНК и ДНК сателлита 3
+
NM
HS3
Detection
with AB
:
р70
+
NM
SDS-PAGE
SDS-PAGE

P70 связывает а-сат ДНК и ДНК сателлита 3+NMHS3Detectionwith AB: р70+NMSDS-PAGESDS-PAGE

Слайд 42Mass-spectrometry analysis: p70=RNA-helicase p68= DEAD/H box polypeptide 5

Mass-spectrometry analysis: p70=RNA-helicase p68= DEAD/H box polypeptide 5

Слайд 43Распределение р70 в ядре
HeLa

MRC5 (сульфат аммония)
Распределение р70 в ядреHeLa

Слайд 44P70 по отношению к а-сат ДНК
MRC5, Upregulated
Single section (0.3m)
epifluorescent
HeLa

P70 по отношению к а-сат ДНКMRC5, UpregulatedSingle section (0.3m)epifluorescent HeLa

Слайд 45P70 по отношению к сат3

P70 по отношению к сат3

Слайд 46Определение домена локализации р70
В фибробластах и HeLa р70 находится в

SC35 доменах и фибрилах между ними

Определение домена локализации р70В фибробластах и HeLa р70 находится в SC35 доменах и фибрилах между ними

Слайд 47P70
Sc35
PML
In MRC5, p70 has been found in PML and SC35

domains
Upregulated

P70Sc35PMLIn MRC5, p70 has been found in PML and SC35 domains Upregulated

Слайд 48P70
Sc35
PML
In HeLa S (SD), p70 has been found in SC

35 but not in PML
HeLa S, grown in serum

deprived medium
P70Sc35PMLIn HeLa S (SD), p70 has been found in SC 35 but not in PML HeLa S,

Слайд 49Direct Identification of Insulator
Components by Insertional Chromatin
Immunoprecipitation
Toshitsugu Fujita,

Hodaka Fujii*
PLoS ONE, 2011
CCCTC-binding factor (CTCF)
Direct Identification of Insulator
Components

by Insertional Chromatin
Immunoprecipitation
Toshitsugu Fujita, Hodaka Fujii*
PLoS ONE, 2011

CCCTC-binding factor (CTCF)

Direct Identification of Insulator Components by Insertional Chromatin ImmunoprecipitationToshitsugu Fujita, Hodaka Fujii*PLoS ONE, 2011CCCTC-binding factor (CTCF)Direct Identification

Слайд 50Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by

establishing separate compartments of higher-order chromatin structure. (A) Domains of

open chromatin (yellow nucleosomes) are flanked by insulators (pink, blue and green spheres) that interact together to form a loop. (B) Diagram showing part of a nucleus with compartmentalized chromatin, anchored in part to the nuclear periphery by interactions of the insulators with the nuclear lamina (red lines).
Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by establishing separate compartments of higher-order chromatin structure.

Слайд 51Взаимодействие хромосом в интерфазе и в митозе

Взаимодействие хромосом в интерфазе и в митозе

Слайд 53Inter-Chromosomal Contact Networks Provide Insights into Mammalian Chromatin Organization

Stefanie Kaufmann, Christiane Fuchs, Mariya Gonik, Ekaterina

E. Khrameeva, Andrey A. Mironov, Dmitrij Frishman

Контакты в области центромера и активного хроматина

Inter-Chromosomal Contact Networks Provide Insights into Mammalian Chromatin Organization Stefanie Kaufmann, Christiane Fuchs, Mariya

Слайд 54Аггрегация хромосом

Аггрегация хромосом

Слайд 55Wilson, 1925;
Hsu et al.,1967;
Hoskins, 1968;
Henderson et al.;

1973;
Schneider 1973;
Takayama, 1976;
Chiarelli et al. 1977;
Bennet et al.,

1983;
Lavany et al., 1984
Radic et al., 1987;
Maniotis et al., 1997;
Nagele et al., 1998;
Dozortsev et al., 2000;
Saifitdinova et al., 2001
Enukashvily et al., 2005
Kuznetsova et al., 2007
Marco et al., 2008

Межхромосомную нить наблюдали:

Wilson, 1925; Hsu et al.,1967; Hoskins, 1968; Henderson et al.; 1973;Schneider 1973; Takayama, 1976; Chiarelli et al.

Слайд 56Межхромосомная нить

Межхромосомная нить

Слайд 57Состав нити
600 А
(200 по
другим данным)
20 А
10 А


кинетохор
ДНК-аза – утрата связи
РНКаза и пепсин –
утрата эластичности

Состав нити600 А(200 по другим данным) 20 А 10 А кинетохорДНК-аза – утрата связиРНКаза и пепсин –

Слайд 58ДНК (теломерная, интерстициальная, сателлитная)
РНК (рибосомная, мРНК)
Белки, в т.ч. чувствительные к

меркаптоэтанолу и малорастворимые
Состав нити

ДНК (теломерная, интерстициальная, сателлитная)РНК (рибосомная, мРНК)Белки, в т.ч. чувствительные к меркаптоэтанолу и малорастворимыеСостав нити

Слайд 59ДНК – FCP повтор зяблика
Saifitdinova et al., 2001

ДНК – FCP повтор зябликаSaifitdinova et al., 2001

Слайд 60M. Musculus – позднореплицирующаяся ДНК

M. Musculus – позднореплицирующаяся ДНК

Слайд 61MS4
MS3
MiSat
MaSat
M. Musculus – сатДНК межхромосомной нити

MS4MS3MiSatMaSatM. Musculus – сатДНК межхромосомной нити

Слайд 62P68 в межхромосомной нити

P68 в межхромосомной нити

Слайд 63Межхромосомная нить
Енукашвили и др., 2002

Межхромосомная нитьЕнукашвили и др., 2002

Похожие презентации

Сем. Motacillidae Трясогузковые Сем. Motacillidae Трясогузковые 218
Повторяем даты. Правители Руси и России Повторяем даты. Правители Руси и России 444
ТЭЛА ТЭЛА 231
Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического Санкт-Петербургский государственный университет аэрокосмического 208
Еще тогда нас не было на свете, Когда гремел салют из края в край. Солдаты, Еще тогда нас не было на свете, Когда гремел салют из края в край. Солдаты, 368
Бизнес -информатика Бизнес -информатика 143
35.01.01. Мастер по лесному хозяйству 35.01.01. Мастер по лесному хозяйству 299
УСЛОВИЯ ПРОДАЖ - 2 УСЛОВИЯ ПРОДАЖ - 2 223
Дисциплина Пластическая анатомия Дисциплина Пластическая анатомия 217
По страницам любимой книги По страницам любимой книги 311
Тибетский 60-летний цикл Тибетский 60-летний цикл 219
Спутниковые системы наблюдения и связи Тема 4. Тематическая обработка Спутниковые системы наблюдения и связи Тема 4. Тематическая обработка 265
Именем героя названа улица Именем героя названа улица 181
Альтернативные электростанции Альтернативные электростанции 208
SIBERIAN FEDERAL UNIVERSITY School of petroleum and Natural Gas SIBERIAN FEDERAL UNIVERSITY School of petroleum and Natural Gas 199
ПРОФЕССИОНАЛЬНАЯ ЭТИКА В ПСИХОЛОГО-ПЕДАГОГИЧЕСКОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ПРОФЕССИОНАЛЬНАЯ ЭТИКА В ПСИХОЛОГО-ПЕДАГОГИЧЕСКОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ 370
Литосфера И Рельеф Земли Литосфера И Рельеф Земли 174
конкурс Авто-профи-2020 конкурс Авто-профи-2020 138
Лекция. Финансовая структура капитала предприятия Лекция. Финансовая структура капитала предприятия 234
ТЕМА: ТЕМА: 407

Обратная связь

Если не удалось найти и скачать доклад-презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое TheSlide.ru?

Это сайт презентации, докладов, проектов в PowerPoint. Здесь удобно  хранить и делиться своими презентациями с другими пользователями.

Для правообладателей

Яндекс.Метрика