Санкт-Петербурге. С 1751 по 1760 гг. посещал гимназию при Академии
наук. После окончания гимназии он два года был слушателем Академического университета, возглавляемого на тот период М.В. Ломоносовым. Окончив вуз в 1762 г., Иван Лепехин был направлен в Страсбургский университет, по окончании которого молодому ученому была присвоена степень доктора медицины.После своего возвращения в Петербург И.И. Лепехин получил назначение адъюнкта Академии наук, и вскоре возглавил один из отрядов Академических экспедиций, сформированных в 1768 г. для изучения разных районов Российской империи. Инициированы экспедиции были М.В. Ломоносовым, однако их реализация состоялась уже после его смерти.