Слайд 2Генетический материал бактерий
Наследственный материал бактерий – ДНК, подобно всем другим
клеточным организмам.
В основе наследственности прокариот общие понятия о мутации,
репликации, рекомбинации генов. Многие закономерности современной генетики были открыты на моделях – прокариотах. Самый распространенный объект исследования Escherichia coli.
Слайд 3Поток наслед-ствен-ной инфор-мации
Слайд 4Поток наследственной информации
Основная догма молекулярной биологии. «Один ген – один
фермент» существенно дополнена в наши дни. РНК-продукты экспресии генов могут
регулировать процессы клетки.
Генетическая информация передается от родительских клеток дочерним (вертикально).
Реализация информации происходит с помощью механизмов транскрипции и трансляции.
Роль ДНК была доказана в опытах О. Эвери, К. Маклеода и М. Маккарти в 1944 (трансформация стрептококка). И в эксперименте А. Херши и М. Чейза в 1952 (трансдукция E.сoli фагом).
Слайд 5Строение бактериальной хромосомы
ДНК прокариот – компактное образование в цитоплазме клетки.
Генетический аппарат получил название нуклеоид. Занимает как правило центральную часть
клетки и заполнен нитями ДНК.
Нуклеоид по морфологии напоминает соцветие цветной капусты и занимает примерно 30% объема цитоплазмы.
Его составляет одна кольцевая молекула ДНК – бактериальная хромосома.
Слайд 6Строение бактериальной хромосомы
Бактериальная хромосома представляет собой кольцевую двуспиральную правозакрученную молекулу
ДНК, которая свернута во вторичную спираль.
Длина бактериальной хромосомы составляет
примерно 4,7 млн. нуклеотидных пар (п.н.), или ~ 1,6 мм.
В растущей культуре количество бактериальных хромосом может достигать 4-8 на клетку.
Вторичная структура хромосомы поддерживается с помощью гистоноподобных (основных) белков и РНК.
Точка прикрепления бактериальной хромосомы к мезосоме (складке плазмалеммы) является точкой начала репликации ДНК (эта точка носит название OriC).
Слайд 7Строение бактериальной хромосомы
ДНК – полинуклеотидная цепь, состоящая из дезоксинуклеотидов.
Правило
Чаргаффа, соотношение AT/GC является специфичным для данного организма.
Антипараллельные цепи и
двойная спираль.
ДНК может иметь различные конформации (B, A, Z) – топоизомеры, переход катализируется топоизомеразами.
Механизмы синтеза ДНК универсальны для всего живого (полуконсервативность).
Слайд 8Бактериальная хромосома удваивается перед делением клетки, и сестринские копии распределяются
по дочерним клеткам с помощью мезосомы.
Репликация ДНК идет в
две стороны от точки OriC и завершается в точке TerC. Молекулы ДНК, способные себя воспроизводить путем репликации, называются репликоны.
Бактериальные хромосомы содержат 2000 – 4000 генов. Обычно это гены «домашнего хозяйства», то есть необходимые для поддержания жизнедеятельности клетки.
Все множество известных генов делится на 10 групп, контролирующих следующие процессы (в скобках указано количество изученных генов):
Организация генома прокариот (на примере E. coli)
Слайд 9Хромосома бактерий
Хромосома бактерий = крупный репликон.
Точка начала и терминации
репликации.
ДНК прокариот локализована в нуклеоид.
Бактериальная ДНК не организована в нуклеосомы,
но покрыта гистоноподобными белками, структурирующими нуклеоид.
Область нуклеоида почти не содержит рибосом.
Слайд 10Организация генетического материала
Цистрон = структурный ген (функциональная единица наследственного материала).
Ген=
Цистрон+регуляторные последовательности.
Некоторые гены кодируют РНК-продукты (рРНК, тРНК, регуляторные РНК).
У бактерий
несколько цистронов транскрибируются в общую полицистронную иРНК.
Полицистронная иРНК – оперон.
Полярные эффект – влияние экспрессии или мутации цистрона на расположенные ниже цистроны в общей молекуле иРНК.
Слайд 11Генетический код – триплетный, универсальный, вырожденный
Слайд 12Организация генетического материала
Кольцевая бактериальная хромосома содержит набор генов.
Как правило в
бактериальных и вирусных геномах гены не прерываются (нет структур подобных
интронам в генах Эукариот).
иРНК у прокариот не подвергается сплайсингу.
Слайд 13Организация генетического материала
У некоторых фагов (на рисунке) и некоторых бактерий
обнаружено перекрывание генетической информации.
Слайд 14Гены бактерий на примере E. coli
1. Транспорт различных соединений и
ионов в клетку (92).
2. Реакции, поставляющие энергию, включая катаболизм различных
природных соединений (138).
3. Реакции синтеза аминокислот, нуклеотидов, витаминов, компонентов цепей переноса электронов, жирных кислот, фосфолипидов и некоторых других соединений (221).
4. Генерация АТФ при переносе электронов (15).
5. Катаболизм макромолекул (22).
Слайд 15Гены бактерий на примере E. coli
6. Аппарат белкового синтеза (164).
7.
Синтез нуклеиновых кислот, включая гены, контролирующие рекомбинацию и репарацию (49).
8.
Синтез клеточной оболочки (42).
9. Хемотаксис и подвижность (39).
10. Прочие гены, в том числе с неизвестной функцией (110).
Первая секвенированная бактериальная хромосома Haemophilus influenzae (1995). Общей длиной 1 830 137 пар оснований, она содержит 1 743 гена.
Слайд 16Репликация ДНК прокариот
Бактериальные хромосомы в отличие от эукариотических имеют только
одну точку начала репликации.
Репликация ДНК происходит одновременно и сразу
в двух направлениях кольца хромосомы, создавая две репликационные вилки.
Слайд 18Репликация ДНК прокариот
Раскручивание спирали ДНК в обоих направлениях должно вызвать
скручивание хромосомы в направлении спирали и сделать хромосому такой плотной,
что репликация должна бы закончиться, если бы не действие фермента ДНК-гиразы.
Это представитель группы ферментов, называемых топоизомеразами, которые могут изменять форму молекул ДНК. ДНК-гираза предотвращает положительное суперскручивание, скручивая ДНК в противоположном направлении.
Слайд 19В репликационных вилках ДНК расплетаются ферментом, называемым геликазой. Как только
отдельные нити расплетутся, белки, связывающиеся с однонитевыми ДНК (ССБ-белки), не
дают расплетенным нитям соединяться друг с другом вновь.
Слайд 21Фермент праймаза использует участок на каждой нити расплетенной ДНК как
матрицу для синтеза коротких нитей РНК, называемых праймерами, которые, в
свою очередь, требуются для начала дупликации ДНК ферментом ДНК-полимеразой. Примерно в середине процесса репликации хромосома похожа на греческую букву тета θ, поэтому процесс называется тета-репликацией.
Слайд 23Сигма-репликация служит для полной или частичной реликации ДНК. Бактерии передают
фрагмент ДНК в процессе конъюгации или при заражении бактерии вирусом.
При
сигма-репликации разрезается одна из нитей двойной спирали ДНК, а геликаза и ССБ-белки стабилизируют репликационную вилку в этом месте. Во время репликации ведущей нити матрица отстающей нити смещается и реплицируется в виде коротких фрагментов Оказаки.
Репликация происходит так же, как репликация линейной ДНК у эукариот. В результате образуется кольцо с линейным хвостом.
Слайд 25Синтез каждого сегмента Оказаки происходит последовательно через следующие стадии:
1. Раскручивание
нитей ДНК.
2. Расплетение (разделение нитей).
3. Стабилизация однонитевых участков.
4. Формирование
праймосомы. Праймосома — мультиферментный комплекс, в который входят фермент ДНК-праймаза и ряд других белков.
5. Синтез с участием ДНК-праймазы (англ. prime — подготавливать) затравочной РНК. Затравочная РНК необходима для синтеза каждого сегмента Оказаки потому, что сама ДНК-полимераза не способна инициировать синтез ДНК, для этого ей нужна специальная затравка, роль которой и выполняют короткие, длиной не более 10 нуклеотидов, фрагменты РНК, комплементарные ДНК-матрице.
Слайд 26Синтез фрагментов Оказаки
Синтез сегмента Оказаки.
Вырезание затравочной РНК и замещение ее
дезоксирибонуклеотидами, комплементарными основаниям ДНК-матрицы.
Сшивание сегмента Оказаки с предсуществующей нитью ДНК
с помощью лигазы.
Суперспирализация вновь синтезированных участков нитей ДНК.
Ревизия ДНК-полимеразой вновь синтезированного фрагмента ДНК — нет ли ошибочного включения нуклеотидов.
Если произошла ошибка, то ошибочно включенный нуклеотид с частью этой нити вырезается и образовавшаяся брешь заполняется правильными нуклеотидами.
Слайд 27Репликация ДНК прокариот
Скорость репликации ДНК у Е. coli при температуре
37 градусов соответствует включению 2000 пар нуклеотидов в 1 с.
При
благоприятных для роста бактерий условиях, когда еще не закончился один цикл репликации, могут возникать вторичные и третичные репликативные вилки, благодаря чему в клетке и происходит увеличение массы ДНК и числа копий хромосом.
В осуществлении процессов репликации ДНК участвует целый комплекс ферментов, образующих единую структуру — реплисому.
Слайд 28Репликация ДНК прокариот
Генетический контроль репликации ДНК осуществляется большим количеством генов
(у Е. coli не менее 25), локализованных в самой ДНК:
это процесс саморегулируемый.
Комплекс генов обеспечивает строгую временную и пространственную координацию функционирования ферментов, участвующих в репликации.
Репликон – автономная репликационная единица, содержащая точку начала репликации.
Слайд 29Механизм роста цепи ДНК
Присоединение к растущей цепи нуклеотидтрифосфата.
Рост происходит
от 5’ конца цепи к 3’. 2 фосфорных остатка отщепляются
при присоединении к цепи каждого нового нуклеотида.
Слайд 34Репликация ДНК прокариот.
Механизм распределения бактериальных хромосом:
А - бактериальная клетка
содержит частично реплицированную хромосому, прикрепленную к мембране в точке (или
точках) репликации;
Б - репликация хромосомы завершена. В бактериальной клетке две дочерние хромосомы, каждая из которых прикреплена к ЦПМ.
Показан синтез клеточной стенки и ЦПМ;
В - продолжающийся синтез мембраны и клеточной стенки приводит к разделению дочерних хромосом. Показано начало деления клетки путем образования поперечной перегородки;
1 - ДНК; 2 - прикрепление хромосомы к ЦПМ; 3 - ЦПМ; 4 - клеточная стенка; 5 - синтезированный участок ЦПМ; 6 - новый материал клеточной стенки.
Слайд 35Транскрипция у прокариот
Транскрипция – процесс синтеза мРНК на матрице ДНК.
Транскрипционная
единица может включать несколько цистронов.
Иницииация на участке промотора. Сигма-субъединица РНК-полимеразы
распознает промотор.
После синтеза 12 нуклеотидов, сигма-фактор покидает РНК-полимеразу, начинается элонгация.
Стоп-сигналы: петли и шпильки РНК, белки терминирующие транскрипцию.
Слайд 36Транскрипция у эукариот
Кодирующая цепь ДНК– аналогична иРНК. Матричная – служит
для синтеза иРНК (комплиментарна).
Начало синтеза на 3’ конце матричной цепи,
синтез мРНК происходит от 5’ к 3’.
Промотор распознает РНК полимеразу.
Слайд 37Транскрипция у прокариот
Лидерная последовательность транскрибируется но не транслируется. Содержит регион
Шайн-Дельгарно, необходимый для инициации трансляции, иногда участвует в регуляции транскрипции
и трансляции.
Обычно началом служит кодон AUG (формилметионин у бактерий).
Терминатор – отсоединение РНК-полимеразы.
Слайд 42Трансляция у прокариот
Полипептид синтезируется путем добавления аминокислот к С-концу пептидной
цепочки.
У E.coli скорость синтеза 900 аминокислот в минуту, у эукариот
около 100 АК в минуту.
30 S и 50 S субъединицы находятся в цитоплазме, их сборка часто инициируется иРНК, которая может формировать полисому.
Максимальная загрузка иРНК – рибосома каждые 80 нуклеотидов (до 20 рибосом в полисоме).
Транскрипция и трансляция у Эубактерий и Архей происходят совместно, когда синтезируется иРНК, рибосомы уже готовы к прикреплению и началу транскрипции.
Слайд 43Трансляция у прокариот
Трансляция – процесс перевода последовательности нуклеотидов в последовательность
аминокислот.
иРНК – матрица для считывания триплетов.
Связывание рибосомы происходит на
RBS участке (Шайна-Дельгарно). Инициирующий кодон кодирует формилметионин.
Многие антибиотики подавляют синтез белков. Тетрациклины блокируют А-сайт рибосомы, Хлорамфеникол, подавляет пептидилтрансферазную активность, стрептомицин нарушает узнавание кодонов.
Слайд 47Строение 70 S рибосомы
50 S
и 30 S субъединицы в
разных проекциях.
Слайд 49Инициирование трансляции требует наличия 3 белковых регуляторов.
IF-3 обеспечивает связывание иРНК
с 30 S субъединицей.
IF-2 связывает ГТФ, формилметионин-тРНК, и обеспечивает прикрепление
фм-тРНК к Р-сайту 50S.
IF-1 отвечает за связывание 30 и 50 субъединиц.
Слайд 50Терминация трансляции чаще осуществляется UAA кодоном.