Слайд 1Модуль «Ферменты»
Лекция 1
История развития энзимологии. Номенклатура, классификация,
структура и функции
ферментов.
Слайд 2Ферменты или энзимы (Е) – биокатализаторы, от латинского слова «fermentum»
- закваска; от греческого «en zyme»
– в дрожжах
Слайд 3В 1783 г. итальянский ученый Спаланцани, изучая переваривание мяса у
хищных птиц, показал, что в организме есть катализаторы, расщепляющие мясо.
Сделал вывод, что процессы в живой природе происходят при помощи специфических веществ.
Слайд 4В 1814 г. русский ученый,
К. Кирхгоф впервые установил, что крахмал превращается
в сахар под действием некоторых веществ, находящихся в вытяжке проросших зерен ячменя.
Слайд 5В 1833 г. французские химики А.
Пайен и Ж. Пирсо выделили вещество, расщепляющее крахмал, которое они
назвали диастаза (фермент амилаза)
Луи Пастер высказал
предположение, что процессы брожения могут вызывать микроорганизмы и,
следовательно, связаны лишь с их жизнедеятельностью.
Слайд 7Ю. Либих и К. Бернар отстаивали химическую природу брожения, считая,
что брожение вызывают особые вещества, подобные диастазе (амилазе).
В 1837 г. шведский
химик Й. Берцелиус показал, что ферменты – это катализаторы, поставляемые живыми клетками. Именно тогда появились термины «фермент» и «энзим»
В 1897 г. немецкие
ученые Ганс и Эдвард Бухнеры показали, что дрожжевой бесклеточный сок способен Э. Бухнер сбраживать сахар с образованием спирта и СО2
Слайд 10 После этого стало ясно, что в нем содержится смесь ферментов
(«зимаза»), которые функционируют как внутри, так и
вне клеток
В 1926 г. американский
биохимик Д. Самнер выделил из бобов канавалии фермент уреазу, катализирующий реакцию расщепления мочевины до NH3 и CO2
Слайд 12 В 1930 г., норвежец
Д. Нортроп
выделил
фермент
пепсин,
а затем трипсин
и химотрипсин
Слайд 13С этого периода стало общепринятым утверждение, что все ферменты являются
белками
Слайд 14Большинство ферментов белки
Но есть ферменты небелковой природы.
Н-р, рибозимы, состоящие
из РНК.
Есть ферменты, которые в первую очередь выполняют другие функции.
Н-р, абзимы, являющиеся антителами.
Слайд 15В 1961 г. в Москве на 5-ом биохимическом конгрессе Международная
комиссия по ферментам предложила рекомендации по номенклатуре и классификации ферментов
Слайд 16
Номенклатура ферментов
Каждый фермент имеет два названия:
1 – рабочее (короткое), 2 – систематическое (более полное), применяемое для однозначной идентификации ферментов
Слайд 171 тип названия находится в зависимости от субстрата, на который
действует фермент с добавлением суффикса «аза»
Например, сахараза расщепляет сахарозу,
лактаза – лактозу, мальтаза – мальтозу и т.д.
Слайд 18Некоторые ферменты имеют специфическое название: например, пепсин, трипсин и т.д.
Слайд 192 тип включает в себя название субстрата + название реакции,
катализируемой данным ферментом
Например, лактатдегидрогеназа
Слайд 20Классификация ферментов
Все ферменты разделены на
6 классов, каждый из которых имеет строго определенный номер.
Классы делятся на подклассы, а те на подподклассы
Слайд 21Для каждого фермента существует специальный шифр, состоящий из 4-х цифр:
1 – номер класса, 2 – номер подкласса, 3 – номер подподкласса, 4 – порядковый номер фермента
Слайд 23 Например:
1.1.1.1. – алкогольдегидрогеназа
(АДГ)
1.1.1.27 –
лактатдегидрогеназа (ЛДГ)
Слайд 24Классы ферментов:
I. Оксидоредуктазы
II. Трансферазы
III. Гидролазы
IV. Лиазы
V. Изомеразы
VI. Лигазы (синтетазы)
Слайд 25I. Оксидоредуктазы
Катализируют окислительно-восстановительные реакции с участием
двух субстратов (перенос электронов или атомов водорода с одного субстрата
на другой)
Слайд 26В классе 17 подклассов. Например:
1. Дегидрогеназы
Сюда входят ферменты, катализирующие реакции дегидрирования (отщепления водорода). В качестве акцепторов водорода используются коферменты: НАД+, НАДФ+, ФАД, ФМН
Акцептором ē
служит молекулярный кислород.
Пример реакции:
О2 + 4 Н+ + 4 е → 2 Н2О цитохромоксидаза
Слайд 29 3. Оксигеназы (гидроксилазы)
Атом кислорода из молекулы кислорода присоединяется к субстрату
Слайд 31II. Трансферазы
Катализируют перенос функциональных групп от одного соединения к другому.
В зависимости от переносимой группы:
аминотрансферазы, ацилтрансферазы, метилтрансферазы, гликозилтрансферазы, киназы (фосфотрансферазы)
Слайд 33III. Гидролазы
Катализилируют реакции гидролиза (расщепление ковалентных связей с присоединением молекулы воды
по месту разрыва).
Например: протеаза, липаза, фосфолипаза, рибонуклеаза
Слайд 35IV. Лиазы
Катализируют отщепление от субстратов определенные группы (СО2, Н2О, NH2, SH2
и др.) без участия воды или присоединение по двойной связи
молекулы воды
Слайд 38V. Изомеразы
Катализируют р-ции изомеризации
Например:
Слайд 39VI. Лигазы (синтетазы)
Катализируют реакции синтеза
различных веществ при участии
АТФ
Слайд 41Структура ферментов
Простые ферменты состоят только из белка (пепсин, трипсин, папаин,
рибонуклеаза, фосфатаза, уреаза и др.)
Сложные ферменты -
из белковой части (апофермента) и небелковой (кофактора): низкомолекулярной органической части и/или иона металла
Слайд 42Если константа диссоциации (Kd) комплекса «белок-кофактор» очень мала и обе
части не разделяются при выделении и очистке, то такой фермент
называется холофермент, а кофактор простетической группой
Слайд 43Другие термины небелковой части:
Кофермент (коэнзим) - часть некоторых ферментов, которая
легко отделяется от белковой части фермента и удаляется через полупроницаемую
мембрану при диализе.
Кофермент должен быть непосредственно вовлечен в реакцию катализа.
Слайд 44Коферменты:
производные витаминов;
гемы, входящие в состав цитохромов, каталазы, пероксидазы, гуанилатциклазы, NO-синтазы;
нуклеотиды
– доноры и акцепторы остатка фосфорной кислоты;
Слайд 45Убихинон (кофермент Q), участвующий в переносе ē и Н+ в
дыхательной цепи;
Фосфоаденозилфосфосульфат (ФАФС), участвующий в переносе сульфата;
S-аденозилметионин (SAM) – донор
метильной группы;
глутатион, участвующий в ОВР
Слайд 46Активный центр фермента (А)
А – участок ответственный за присоединение субстрата
(S) и его химическое превращение.
В нем выделяют 2 центра
Слайд 471. Каталитический центр – участок, непосредственно вступающий в химическое взаимодействие
с субстратом (S)
2. Связывающий центр
(якорная или контактная площадка) – участок обеспечивающий связывание E с S
Слайд 48Простой фермент: 1-каталитический участок, 2 - контактный
Слайд 49Сложный фермент: 1-каталитический участок, 2 – контактный, 3 - кофермент
Слайд 50Аллостерический (регуляторный) фермент: R - аллостерический (регуляторный) центр
Слайд 51В активном центре обычно 12-16 аминокислотных
остатков
АМК А находятся в различных местах полипептидной цепи, нередко на
противоположных концах
При пространственной укладке они сближаются и образуют А
Слайд 55У сложных ферментов главную роль контактных и каталитических центров активного
центра играет кофермент
Слайд 56 А может содержать различные функциональные группы:
NH2 (лизина, гуанидиновых групп
аргинина, концевых аминокислот),
COOH (дикарбоновых и концевых аминокислот),
OH (серина
и треонина),
SH (цистеина),
Слайд 57имидазольные гистидина,
тиоэфирные метионина,
фенольные группы тирозина,
гидрофобные цепи алифатических
аминокислот,
ароматическое кольцо фенилаланина
Слайд 58Взаимодействие субстрата с
активным центром фермента
Слайд 59Свойства ферментов.
Общность и отличия их от
неорганических катализаторов
Слайд 60
Сходство с неорганическими катализаторами :
Повышают скорость химической реакции, но не
являются их инициаторами и не участвуют в образовании конечных продуктов
(Р)
Не сдвигают равновесие химической реакции, ускоряют момент наступления равновесия
Снижают энергию активации
Слайд 61
Отличия:
Ферменты обладают намного большей активностью
Неорганические катализаторы активны в очень жестких
условиях (высокие t, давление, присутствие кислот, щелочей), а ферменты -
в мягких условиях (t тела, атмосферное давление, нейтральное значение pH)
Слайд 62Ферменты обладают специфичностью, т.е. способностью катализировать строго определенные реакции, в
которые вовлечены только субстраты, взаимодействующие с активным центром данного фермента
Слайд 63Виды специфичности
Абсолютная (индивидуальная) – когда фермент действует только на
единственный субстрат
Слайд 64Групповая (относительная) – когда фермент действует на группу субстратов или
на один вид связи.
Например, пепсин действует только на пептидную
связь в различных белках.
Слайд 65Стереохимическая –
когда фермент действует только на один из изомеров.
Самая высокая
специфичность
Слайд 66
Выделяют:
Стереоспецифичность к одному из оптических стереоизомеров:
- к D-сахарам
-
к L-аминокислотам
Слайд 68Стереоспецифичность
к одному из геометрических стереоизомеров:
- к
цис-транс-изомерам
- к α- и β-гликозидным связям
(например, фермент амилаза действует только на α-гликозидные связи).
Слайд 69Пример стереоспецифичности
к транс-изомеру
Слайд 70
Различают две основные теории специфичности ферментов:
«жесткого соответствия»
«индуцированного соответствия»
Слайд 711-ая теория предложена
Э. Фишером
предусматривает наличие абсолютного совпадения А и S
(«ключ-замок»): S является как бы «ключом», соответствующим «замку» – А
Слайд 732-ую теорию предложил Кошленд
По данной теории молекула фермента является гибкой,
конформация фермента и активного центра могут изменяться при присоединении субстрата,
т.е. взаимодействие происходит как бы «перчатка на руке»