сыном Гордиана, римского священника, который был убит во время беспорядков
в период папства Симмаха (498—514). Имя отца может указывать на родственные связи с двумя другими папами — Феликсом III (483—492) и Григорием I (590—604).Агапит сотрудничал с Кассиодором в поиске в Риме библиотеки церковных авторов на греческом и латинском языках и помог Кассиодору перевести греческих философов на латынь.
Историк Джеффри Ричардс описывает его как «последнего оставшийся в живых симмахианца старой закалки», поскольку Агапит был рукоположен в сан диакон, возможно, в 502, во время Лаврентьевского раскола. Агапит был избран папой в 535 году. Его первым официальным актом стало сожжение в присутствии клириков анафемы, которой Бонифаций II наказал своего умершего соперника Диоскора по ложному обвинению в симонии.