Разделы презентаций
- Разное
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Выравнивания
Содержание
- 1. Выравнивания
- 2. Форматы файлов, используемых в биоинформатикеFASTA>roa1_drome Rea guano receptor type III >> 0.1MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY>roa2_drome Rea guano ligandMVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPTSTSTSTSTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY
- 3. ClustalWОчень известная и широко распространённая программа: UNIX,
- 4. ClustalWTo fasta @ list>IPNS_STRJU P18286 MPILMPSAEVPTIDISPLSGDDAKAKQRVAQEINKAARGSGFFYASNHGVDVQLLQDVVNEFHRNMSDQEKHDLAINAYNKDNPHVRNGYYKAIKGKKAVESFCYLNPSFSDDHPMIKSETPMHEVNLWPDEEKHPRFRPFCEDYYRQLLRLSTVIMRGYALALGRREDFFDEALAEADTLSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGADGTKLSFEDHLDVSMITVLYQTEVQNLQVETVDGWQDIPRSDEDFLVNCGTYMGHITHDYFPAPNHRVKFINAERLSLPFFLNAGHNSVIEPFVPEGAAGTVKNPTTSYGEYLQHGLRALIVKNGQT>IPNS_STRCL P10621 MPVLMPSAHVPTIDISPLFGTDAAAKKRVAEEIHGACRGSGFFYATNHGVDVQQLQDVVNEFHGAMTDQEKHDLAIHAYNPDNPHVRNGYYKAVPGRKAVESFCYLNPDFGEDHPMIAAGTPMHEVNLWPDEERHPRFRPFCEGYYRQMLKLSTVLMRGLALALGRPEHFFDAALAEQDSLSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGPDGQLLSFEDHLDVSMITVLFQTQVQNLQVETVDGWRDIPTSENDFLVNCGTYMAHVTNDYFPAPNHRVKFVNAERLSLPFFLNGGHEAVIEPFVPEGASEEVRNEALSYGDYLQHGLRALIVKNGQTinput file:Multi-fastaMaking the file in unix
- 5. ClustalWCLUSTAL W (1.7) multiple sequence alignmentIPNS_STRJU
- 6. ClustalW - результат
- 7. http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
- 8. Step 1
- 9. Step 2
- 10. Step 2 cont…
- 11. Step 3
- 12. Слайд 12
- 13. Слайд 13
- 14. Слайд 14
- 15. Слайд 15
- 16. Слайд 16
- 17. Задание на домПровести выравнивание последовательностей из файла(Muscle)Дать статистику выравнивания:
- 18. Статистика выравнивания
- 19. Таблица
- 20. Задание на домПровести выравнивание последовательностей из файла(Muscle)Дать
- 21. Поиск консервативных участков глазами и руками«*» -
- 22. Система оценки - белки
- 23. Задание на домПровести выравнивание последовательностей из файла(Muscle)Дать
- 24. Построение Logo Weblogo – http://weblogo.berkeley.edu/
- 25. 1 этап – определяем консервативный участок
- 26. 2 этап – выбираем общее выравнивание этого участкаGTFWYHSHLSTQYCDGLRGPL GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPI GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF GTFWYHSHFGTQYCDGLRGPM GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM GTYWYHSHLATQYCDGLRGPL GTFWYHSHLSTQYCDGLRGAM GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM
- 27. 3 этап – запускаем WebLogo
- 28. 4 этап – последовательности вставляем в окно
- 29. 4 этап – последовательности вставляем в окно
- 30. 5 этап – создание Logo
- 31. 6 этап – готовый Logo
- 32. Можно поиграть с настройками (при желании)
- 33. Скачать презентанцию
Форматы файлов, используемых в биоинформатикеFASTA>roa1_drome Rea guano receptor type III >> 0.1MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY>roa2_drome Rea guano ligandMVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPTSTSTSTSTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY
Слайды и текст этой презентации
Слайд 2Форматы файлов, используемых в биоинформатике
FASTA
>roa1_drome Rea guano receptor type III
>> 0.1
Слайд 3ClustalW
Очень известная и широко распространённая программа: UNIX, Internet, Windows.
Выполняет
MSA; может строить филогенетические деревья.
Входной файл – формат multi-fasta.
Слайд 4ClustalW
To fasta @ list
>IPNS_STRJU P18286
MPILMPSAEVPTIDISPLSGDDAKAKQRVAQEINKAARGSGFFYASNHGVDVQLLQDVVN
EFHRNMSDQEKHDLAINAYNKDNPHVRNGYYKAIKGKKAVESFCYLNPSFSDDHPMIKSE
TPMHEVNLWPDEEKHPRFRPFCEDYYRQLLRLSTVIMRGYALALGRREDFFDEALAEADT
LSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGADGTKLSFEDHLDVSMITVLYQTEVQNLQVETVDGWQDI
PRSDEDFLVNCGTYMGHITHDYFPAPNHRVKFINAERLSLPFFLNAGHNSVIEPFVPEGA
AGTVKNPTTSYGEYLQHGLRALIVKNGQT
>IPNS_STRCL P10621
MPVLMPSAHVPTIDISPLFGTDAAAKKRVAEEIHGACRGSGFFYATNHGVDVQQLQDVVN
EFHGAMTDQEKHDLAIHAYNPDNPHVRNGYYKAVPGRKAVESFCYLNPDFGEDHPMIAAG
TPMHEVNLWPDEERHPRFRPFCEGYYRQMLKLSTVLMRGLALALGRPEHFFDAALAEQDS
LSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGPDGQLLSFEDHLDVSMITVLFQTQVQNLQVETVDGWRDI
PTSENDFLVNCGTYMAHVTNDYFPAPNHRVKFVNAERLSLPFFLNGGHEAVIEPFVPEGA
SEEVRNEALSYGDYLQHGLRALIVKNGQT
input file:
Multi-fasta
Making the
file in unix
Слайд 5ClustalW
CLUSTAL W (1.7) multiple sequence alignment
IPNS_STRJU -MPILMPSAEVPTIDISPLSGDDAKAKQRVAQEINKAARGSGFFYASNHGVDVQLLQDVV
IPNS_STRGR
-MPIPMLPAHVPTIDISPLSGGDADDKKRVAQEINKACRESGFFYASHHGIDVQLLKDVV
IPNS_FLASS ----MNRHADVPVIDISGLSGNDMDVKKDIAARIDRACRGSGFFYAANHGVDLAALQKFT
IPNS_PENCH --MASTPKANVPKIDVSPLFGDNMEEKMKVARAIDAASRDTGFFYAVNHGVDVKRLSNKT
IPNS_CEPAC
MGSVPVPVANVPRIDVSPLFGDDKEKKLEVARAIDAASRDTGFFYAVNHGVDLPWLSRET*.** **:* * *.: . * :* *: *.* :***** :**:*: *. .
IPNS_STRJU NEFHRNMSDQEKHDLAINAYNKDNP-HVRNGYYKAIKGKKAVESFCYLNPSFSDDHPMIK
IPNS_STRGR NEFHRTMTDEEKYDLAINAYNKNNP-RTRNGYYMAVKGKKAVESWCYLNPSFSEDHPQIR
IPNS_FLASS TDWHMAMSAEEKWELAIRAYNPANP-RNRNGYYMAVEGKKANESFCYLNPSFDADHATIK
IPNS_PENCH REFHFSITDEEKWDLAIRAYNKEHQDQIRAGYYLSIPEKKAVESFCYLNPNFKPDHPLIQ
IPNS_CEPAC NKFHMSITDEEKWQLAIRAYNKEHESQIRAGYYLPIPGKKAVESFCYLNPSFSPDHPRIK
.:* :: :** :***.*** : : * *** .: *** **:*****.*. **. *:
Выходной файл: aln format
http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html
форматы
Слайд 17Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(Muscle)
Дать статистику выравнивания:
Слайд 20Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(Muscle)
Дать статистику выравнивания:
Найти
участки консервативные (глазами и руками)
Построить LOGO консервативных участков (Weblogo)
Слайд 21Поиск консервативных участков глазами и руками
«*» - строго одна и
та же ак у всех последовательностей;
« . » -
замена ак из одной функциональной категории« : » - замена ак из разных функциональных категорий
Слайд 23Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(Muscle)
Дать статистику выравнивания:
Найти
участки консервативные (глазами и руками)
Построить LOGO консервативных участков (Weblogo)
Слайд 262 этап – выбираем общее выравнивание этого участка
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPL
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPI
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHFGTQYCDGLRGPM
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM
GTYWYHSHLATQYCDGLRGPL
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGAM
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM
