Слайд 1ЗАВИСИМОСТЬ СКОРОСТИ РЕАКЦИИ ОТ ТЕМПЕРАТУРЫ
ЭНЕРГИЯ АКТИВАЦИИ
Слайд 3Зависимость скорости реакции от температуры
Слайд 4С. А.Аррениус
(1859–1927)
Ea - энергия активации
Слайд 8Изменение энергии реагирующей системы:
На схеме:
и - энергии
активации прямой и обратной реакций.
В соответствии с законом сохранения энергии разность между ними равна тепловому эффекту реакции.
Слайд 9ТЕОРИЯ АКТИВИРОВАННОГО КОМПЛЕКСА создана
Э. Вигнером,
М. Поляни,
Г. Эйрингом,
М. Эвансом
в 30-х гг. 20 в.
ОБЛАСТЬ, СООТВЕТСТВУЮЩАЯ АКТИВИРОВАННОМУ КОМПЛЕКСУ
Слайд 11Распределение молекул по скоростям
при данной температуре
Слайд 13КИНЕТИЧЕСКИЕ МОДЕЛИ ДЛЯ БИОЛОГИЧЕСКИХ СИСТЕМ
Слайд 14ОСОБЕННОСТИ КИНЕТИКИ БИОЛОГИЧЕСКИХ СИСТЕМ (БС)
1. В БС в качестве
переменных выступают не только концентрации, но и любые другие величины.
2.
Переменные изменяются не только во времени, но и в пространстве. Скорость определяется не только константами реакции, но и диффузионными процессами.
3. БС пространственно неоднородны. Условия в разных частях системы могут отличаться.
4. БС мультистационарны. Может быть несколько устойчивых режимов функционирования.
5. Процессы в БС нелинейны.
6. Кинетические модели БС крайне сложные. Моделирование требует большого числа упрощений.
Слайд 15Модель Мальтуса. Экспоненциальный рост
α — коэффициент прироста
x0 — численность популяции в
начальный момент времени.
Слайд 16Модель Ферхюльста. Рост популяции, ограниченный ресурсами
Пьер Ферхюльст
1804 - 1849
Ограниченный рост.
Зависимость величины скорости роста от численности (а) и численности от
времени (б)
х - численность популяции,
t - время,
r - максимальная скорость прироста,
К –емкость популяции
Слайд 17Модель Вольтерры «хищник - жертва»
Вито Вольтерра
1860 - 1940,
Рост численности
жертв
Убыль хищников
k1- характеризует частоту встреч хищников и жертв,
k1/ -
коэффициент убыли хищников
Слайд 18
k1- характеризует частоту встреч хищников и жертв,
k2 –
коэффициент выживаемости жертв при встрече с хищниками
k1/ - коэффициент убыли
хищников
k2/ - коэффициент эффективности поедания жертв
Совместное существование жертв и хищников
Слайд 20ОСОБЕННОСТИ ФЕРМЕНТОВ
СКОРОСТЬ ФЕРМЕНТАТИВНЫХ РЕАКЦИЙ В 108 – 1020 РАЗ БОЛЬШЕ,
ЧЕМ СООТВЕТСТВУЮЩИХ НЕКАТАЛИЗИРУЕМЫХ РЕАКЦИЙ.
СПЕЦИФИЧНОСТЬ ДЕЙСТВИЯ.
РЕАКЦИЯ ПРОТЕКАЕТ ВНУТРИ ФЕРМЕНТ-СУБСТРАТНОГО КОМПЛЕКСА.
Слайд 21 АКТИВНЫЙ ЦЕНТР ФЕРМЕНТА –ЭТО ОБЛАСТЬ, В КОТОРОЙ ПРОИСХОДИТ СВЯЗЫВАНИЕ
И ПРЕВРАЩЕНИЕ СУБСТРАТА
Слайд 22АКТИВНЫЙ ЦЕНТР ФОРМИРУЕТСЯ ФРАГМЕНТОМ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ, СОДЕРЖАЩЕЙ РАЗНЫЕ ФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ГРУППЫ
Слайд 23АКТИВНЫЙ ЦЕНТР АЦЕТИЛХОЛИНЭСТЕРАЗЫ
Слайд 24Фермент α-химотрипсин
Субстрат удерживается в активном центре водородными связями.
Слайд 25Синтезированная модель ключевого элемента активного центра фермента цитохромоксидазы (По материалам
Science)
Содержит
фенольную группировку,
атом железа
атом меди.
Совместная работа этих
трех центров обеспечивает появление четырех электронов, необходимых для восстановления кислорода в воду.
Слайд 26РОЛЬ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ ГРУПП
УЧАСТИЕ В СОРБЦИИ СУБСТРАТА
УЧАСТИЕ В ХИМИЧЕСКОМ ПРЕВРАЩЕНИИ СУБСТРАТА
Слайд 27Фрагмент структуры РНК-полимеразы II, содержащий щель, в которой локализован активный
центр фермента.
Показаны спираль ДНК (синяя), растущая цепь РНК (красная),
ион металла в активном центре в виде фиолетовой сферы и “мостиковая” α-спираль (зеленая).
ЧАСТО АКТИВНЫЙ ЦЕНТР РАСПОЛОЖЕН НА СТЫКЕ ДОМЕНОВ, ЛИБО В СТАНДАРТНО РАСПОЛОЖЕННОЙ «ВМЯТИНЕ»
Слайд 28СУБСТРАТ ОКРУЖЕН МНОГИМИ БОКОВЫМИ ЦЕПЯМИ БЕЛКА
ТАКОЕ ПОЛОЖЕНИЕ АКТИВНОГО ЦЕНТРА ОБЕСПЕЧИВАЕТ
ФОРМИРОВАНИЕ ОСОБОЙ СРЕДЫ, КОТОРАЯ ОТЛИЧАЕТСЯ ОТ КЛЕТОЧНОЙ.
Слайд 29МОДЕЛИ АКТИВНОГО ЦЕНТРА ФЕРМЕНТА
Слайд 30МОДЕЛЬ «КЛЮЧ – ЗАМОК» (Г.Э.ФИШЕР)
Герман Эмиль Фишер
1852 - 1919
Нобелевская
премия по химии, 1902 г.
Слайд 31ТЕОРИЯ ИНДУЦИРОВАННОГО СООТВЕТСТВИЯ (Д.Э.КОШЛАНД)
Даниэл Эдвард Кошланд
1920 — 2007
Слайд 32МОДЕЛЬ «КЛЮЧ – ЗАМОК»
ТЕОРИЯ ИНДУЦИРОВАННОГО СООТВЕТСТВИЯ
Слайд 33Изменения структуры активного центра, вызванные субстратом, согласно модели «индуцированного соответствия»
Д. Кошланда
Слайд 34ИНДУЦИРОВАННОЕ СООТВЕТСТВИЕ
ДОСТИГАЕТСЯ СМЕЩЕНИЕМ ЛИБО КРУПНЫХ
БЛОКОВ, ЛИБО ЦЕЛЫХ БЕЛКОВЫХ
ДОМЕНОВ.
ЭТИ СМЕЩЕНИЯ ПРОИСХОДЯТ ПУТЕМ МЕЛКИХ
ЛОКАЛЬНЫХ ДЕФОРМАЦИЙ.
Слайд 35ДО СВЯЗЫВАНИЯ С СУБСТРАТОМ ФЕРМЕНТ НАХОДИТСЯ В ОТКРЫТОЙ ФОРМЕ
ПОСЛЕ СВЯЗЫВАНИЯ
С СУБСТРАТОМ ДОМЕНЫ ПОВОРАЧИВАЮТСЯ, ЩЕЛЬ ЗАКРЫВАЕТСЯ, ИЗ НЕЕ ВЫТЕСНЯЕТСЯ ВОДА,
ФЕРМЕНТ ПЕРЕХОДИТ В ЗАКРЫТУЮ ФОРМУ
ПОСЛЕ КАТАЛИТИЧЕСКОГО АКТА ФЕРМЕНТ СНОВА ОТКРЫВАЕТСЯ И ПРОДУКТ ОСВОБОЖДАЕТСЯ
Слайд 37
ТЕОРИЯ НАПРЯЖЕНИЙ (Р.ЛАМРИ, Г.ЭЙРИНГ, Дж.Д.СПАЙКС)
СИЛЫ СОРБЦИИ ИСПОЛЬЗУЮТСЯ ДЛЯ СОЗДАНИЯ НАПРЯЖЕНИЙ
(ДЕФОРМАЦИЙ) В МОЛЕКУЛАХ РЕАГЕНТОВ.
АКТИВНЫЙ ЦЕНТР ЖЕСТКИЙ, И МОЛЕКУЛА СУБСТРАТА
ДОЛЖНА ПОДВЕРГНУТЬСЯ ДЕФОРМАЦИИ. В РЕЗУЛЬТАТЕ ДЕФОРМАЦИИ СУБСТРАТ АКТИВИРУЕТСЯ
Генри ЭЙРИНГ
1901 – 1981
Слайд 38В реальных системах ни субстрат, ни фермент не являются жесткими
молекулами. При связывании претерпевают конформационные изменения, как правило, молекулы обоих
реагентов.
Поэтому провести четкую грань между различными механизмами катализа не представляется возможным.
Слайд 39ТЕРМОДИНАМИЧЕСКАЯ СУЩНОСТЬ всех этих теорий одна:
потенциальная свободная энергия связывания
(сорбции) субстрата на ферменте тратится на понижение барьера свободной энергии
активации последующей химической реакции.
Слайд 42Три стадии процесса:
1) E + S ----- ES (K =
k1/k-1) (БЫСТРАЯ)
2) ES ----- EP (k2)(медленная)
3) EP ---- E +
P
Таким образом, в момент равновесия скорости образования и исчезновения фермент-субстратного комплекса (ES) равны:
E + S ---- ES ----- EP --- E + P
Катализ приводит к ускорению достижения равновесия за счет снижения энергии активации (Еа), часто ступенчато
Слайд 43Разложение перекиси водорода
Неферметативный путь: энергия активации 75 кДж/моль
Ферментативный путь (каталаза):
энергия активации 8 кДж/моль
Слайд 45В образовании фермент-субстратных комплексов участвуют
водородные связи
электростатические взаимодействия
гидрофобные взаимодействия
ковалентные,
координационные
Информация о природе связей между субстратом и связывающим участком
активного центра фермента может быть получена методами ЭПР и ЯМР, а также методами УФ- и ИК-спектроскопии.
ТИПЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ МЕЖДУ АКТИВНЫМ ЦЕНТРОМ ФЕРМЕНТА И СУБСТРАТОМ
Слайд 46Прямые доказательства существования фермент-субстратного комплекса были получены в лабораториях Д.
Кейлина и Б. Чанса.
В настоящее время экспериментальные и математические
методы кинетики, термодинамики и статической механики химических реакций позволяют определить для ряда ферментативных реакций кинетические и термодинамические показатели, в частности, константы диссоциации промежуточных фермент-субстратных комплексов, константы скорости и равновесия их образования.
Слайд 47ВЫВОД УРАВНЕНИЯ МИХАЭЛИСА – МЕНТЕН
Слайд 48Леонор МИХАЭЛИС
1875 –1949
Мод Леонора МЕНТЕН
1879 –1960
Слайд 50Допущения:
1) В стационарном состоянии скорости образования и расходования ES равны;
2)
Весь фермент в условиях насыщающих концентраций субстрата превращается в фермент-субстратный
комплекс ES
3) Если весь фермент находится в виде ES, то скорость реакции максимальна и Vmax=k2[ES].
Слайд 51
ЗАВИСИМОСТЬ СКОРОСТИ ФЕРМЕНТАТИВНОЙ РЕАКЦИИ ОТ КОНЦЕНТРАЦИИ СУБСТРАТА
Слайд 52РАССМОТРИМ ФЕРМЕНТАТИВНУЮ РЕАКЦИЮ
Е1 – свободный фермент
S – субстрат
Р -
продукт
Слайд 53РАССМОТРИМ ПРИНЦИП ЗАКРЫТОСТИ СИСТЕМЫ:
ОТСЮДА
Слайд 54СКОРОСТЬ ОБРАЗОВАНИЯ И РАСЩЕПЛЕНИЯ ФЕРМЕНТ-СУБСТРАТНОГО КОМПЛЕКСА
Слайд 55В СТАЦИОНАРНОМ СОСТОЯНИИ V1 =0, ТОГДА
Слайд 58ОТНОШЕНИЯ КОНСТАНТ СКОРОСТЕЙ
ТОГДА
Слайд 59ЗАПИШЕМ СКОРОСТЬ ФЕРМЕНТАТИВНОЙ РЕАКЦИИ КАК СКОРОСТЬ ОБРАЗОВАНИЯ ПРОДУКТА
ПОДСТАВИМ ВЫРАЖЕНИЕ ДЛЯ
Слайд 61УЧТЕМ, ЧТО
В ЭТОЙ СИТУАЦИИ ВЕСЬ ФЕРМЕНТ ПОШЕЛ НА ОБРАЗОВАНИЕ ФЕРМЕНТ-СУБСТРАТНОГО
КОМПЛЕКСА.
Слайд 62В ИТОГЕ ПОЛУЧИМ УРАВНЕНИЕ МИХАЭЛИСА – МЕНТЕН
Слайд 63Константа Михаэлиса измеряется в молях на литр и колеблется от
10-2 до 10-7 моль/л.
Чем меньше КМ, тем активнее фермент.
При
V=1/2Vmax, имеем КМ = [S].
Однако определение Vmax и КМ затруднительно.
Для определения КМ и Vmax используют прием линеаризации уравнения Михаэлиса – Ментен.
Слайд 64ЛИНЕЙНЫЕ ПРЕОБРАЗОВАНИЯ УРАВНЕНИЯ МИХАЭЛИСА – МЕНТЕН
Слайд 66УРАВНЕНИЕ ЛЭНГМЮРА используется, если отклонения от линейности наблюдаются при высоких
концентрациях субстрата
ПОЛУЧИМ, УМНОЖАЯ ОБЕ ЧАСТИ УРАВНЕНИЯ ЛАЙНУИВЕРА – БЕРКА НА
[S]
а = KM/Vmax
tgα = 1/Vmax
Слайд 67УРАВНЕНИЕ ИДИ - ХОФСТИ
ПОЛУЧИМ, УМНОЖАЯ ОБЕ ЧАСТИ УРАВНЕНИЯ ЛАЙНУИВЕРА –
БЕРКА НА V ⋅ VMAX
Слайд 68Зависимость скорости ферментативной реакции (V) от температуры
Слайд 69Зависимость скорости ферментативной реакции (V) от рН среды.
Слайд 70Оптимальные значения рН для некоторых ферментов