Что такое биоинформатика

органах, организме, популяции).
Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических»

методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.

?

и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей,

генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.

поиска генов в геноме


Анализ и интерпретация биологических данных таких, как

нуклеотидные и аминокислотные последовательности, структура молекул белков, структура комплексов молекул белков с другими молекулами.
Изучение структуры активного центра белка


Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным
Создание банка данных аминокислотных последовательностей

методов для решения биологических задач
Применение компьютерных методов для решения задач
молекулярной

биологии

... и еще ỳже...

Компьютерный анализ экспериментальных данных о структурах биологических макромолекул (белков и нуклеиновых кислот) с целью получения биологической информации

экспериментального определения
последовательности оснований в ДНК
Организм
ДНК «в пробирке»
Последовательность


выделение
секвенирование
...TGCCACAAATCAC...

году был основан GenBank
GenBank — хранилище последовательностей нуклеиновых кислот в

виде компьютерных файлов

Объем GenBank’а:
1982: 680 338 букв в 606 последовательностях
1992: 101 008 486 букв в 78 608 последовательностях
2002: 28 507 990 166 букв в 22 318 883 последовательностях 2004: 44 575 745 176 букв в 40 604 319 последовательностях 2005: 56 037 734 462 букв в 52 016 762 последовательностях (из ~165 000 организмов)
Размер файлов — 196 Gb

evolution, and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New

York, 189-225.

Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence
in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166.

Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных

Гипотеза молекулярных часов

Mutation)
1965
Атлас последовательностей белков и их структур (1965)

атласа содержала описание 65 (!) последовательностей белков

отвечает её автор-экспериментатор
Курируемые за содержание записей отвечают специальные люди —

кураторы
Автоматические записи генерируются компьютерными программами

база данных
“Золотой стандарт” аннотации

Биоинформатики
С 1987 поддерживается в сотрудничестве между

Swiss Institute of Bioinformatics

(SIB)
European Bioinformatics Institute (EBI)

2006) содержит 206586 документов
1986
2006
2001

EMBL

Автоматическая классификация и аннотация

TrEMBL (Translated EMBL)
Текущий релиз 31.9 (24

января 2006) содержит 2 586 884 документа

Archive – UniParc

UniProt Reference – UniRef

и компьютерная аннотация


UniRef
(UniProt
non-redundant
Reference
databases)

UniParc (UniProt Archive)


∼200 000 последовательностей
Экспертиза

Базы

данных
научной литературы

во много раз больше, чем структур!

Большинство последовательностей не аннотированы!

модификации
Аннотация
последовательности
Последовательность