Слайд 1ВВЕДЕНИЕ В МОЛЕКУЛЯРНУЮ БИОФИЗИКУ
Предмет молекулярной биофизики
Специфика биомакромолекул
Обзор методов, используемых для
изучения биомакромолекул. Рентгеноструктурный анализ
Пространственные структуры биомакромолекул
Силы, стабилизирующие биомакромолекулы
Слайд 2ПРЕДМЕТ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОФИЗИКИ
РАСКРЫТЬ ПРИРОДУ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ АТОМАРНЫХ ГРУПП, ОПРЕДЕЛЯЮЩИХ КОНФОРМАЦИИ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ,
ВЫЯВИТЬ МЕХАНИЗМЫ ЭЛЕКТРОННЫХ И КОНФОРМАЦИОННЫХ ПЕРЕХОДОВ,
РАСКРЫТЬ МЕХАНИЗМ ФУНКЦИОНИРОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
В ЖИВЫХ СИСТЕМАХ
Слайд 3СПЕЦИФИКА БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
СТАТИСТИЧЕСКИЙ ХАРАКТЕР ПОВЕДЕНИЯ, Т.К. БИОМАКРОМОЛЕКУЛЫ СОСТОЯТ ИЗ БОЛЬШОГО ЧИСЛА
ОДНОТИПНЫХ ЗВЕНЬЕВ – МОНОМЕРОВ.
НАЛИЧИЕ НЕ ТОЛЬКО ХИМИЧЕСКИХ СВЯЗЕЙ, НО И
ДРУГИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ РАЗНОГО ТИПА, ЧТО ОГРАНИЧИВАЕТ ЧИСЛО ВОЗМОЖНЫХ КОНФОРМАЦИЙ.
Слайд 4МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
(обзор)
Слайд 5В 1953 Дж. Уотсон и Ф.Крик предложили модель молекулы ДНК,
которая хорошо согласовалась с результатами рентгенографических исследований ДНК, полученными М.Уилкинсом
и Р. Франклин.
Слайд 6РЕНТГЕНОГРАММА ДНК, ПОЛУЧЕННАЯ РОЗАЛИНДОЙ ФРАНКЛИН
Розалинда Франклин (1920–1958)
Слайд 7Первые рентгенограммы белков получены еще в 30-х годах (У.Астбюри, Л.Полинг,
Р.Кори).
Л.Полинг
1901 - 1994
Слайд 8РЕНТГЕНОСТРУКТУРНЫЙ АНАЛИЗ
ПРЯМОЙ МЕТОД ИССЛЕДОВАНИЯ
ПОЗВОЛЯЕТ ОПРЕДЕЛИТЬ РАСПОЛОЖЕНИЕ ВСЕХ АТОМОВ В
ТРЕХМЕРНОМ ПРОСТРАНСТВЕ
ИМЕЕТ ОГРАНИЧЕНИЯ
МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
Слайд 9Рентгеновский структурный анализ
Взаимодействие рентгеновского излучения с электронами вещества.
Дифракция рентгеновских
лучей (рассеяние пучка рентгеновских лучей атомной структурой кристалла).
.
Слайд 10Принципиальная схема : исследуемый объект помещают в пучок рентгеновских лучей
и измеряют интенсивность рассеянного в различных направлениях излучения.
Слайд 11Основные положения
1. Пучок рентгеновских лучей является плоской монохроматической электромагнитной волной.
2.
Под воздействием этой электромагнитной волны каждый электрон образца приходит в
движение.
3. Движущийся электрон - источник новой рассеянной сферической электромагнитной волны, распространяющейся во всех направлениях.
4. Эти новые волны суммируются и определяют интенсивность излучения в интересующем нас направлении.
Слайд 12Кристаллический образец (1) рентгеновские лучи (2).
Рентгеновские лучи образуются при
бомбардировке вольфрамового анода (3) электронами в вакууме (4).
Прорезь (5)
фокусирует лучи на кристалле.
Расстояние между плоскостями атомов в кристалле либо усиливает (6), либо ослабляет (7) рентгеновские лучи.
Когда луч усиливается, возникающий луч (8) создает пятно (9) на фотопленке. Рисунок пятен служит для установления точной структуры молекулы
Слайд 131.Из данных рентгенограммы получают карту распределения электронной плотности в кристалле
исследуемого объекта.
Принципиальная трудность: невозможность получить из эксперимента всю информацию,
необходимую для восстановления исследуемой структуры.
Для получения недостающей части информации используют различные обходные пути. Но универсального пути нет, и в каждом случае исследователь выбирает наиболее подходящий, основываясь на своем опыте и интуиции
Слайд 142.На основании карты распределения электронной плотности определяют положения атомов в
исследуемом объекте.
Для решения этой задачи структура многократно подвергается программной
обработке и ручной доводке для достижения наилучшего совпадения с электронной плотностью
Модель, вписанная в карту электронной плотности
Слайд 15Основные этапы определения структуры белка
Выделение, очистка
Кристаллизация
Рентгеновский эксперимент, обработка результатов
Слайд 16РЕНТГЕНОГРАММА БАКТЕРИАЛЬНОГО БЕЛКА
Слайд 17
Схематичная модель молекулы гемоглобина
(М.Ф.Перутц, 1960 г.)
Структура фермента дуоденазы
с молекулой субстрата
Слайд 18Рентгеноструктурный анализ белковой молекулы позволяет установить
Последовательность аминокислотных остатков в цепи
Закономерности
конфигурации белковой молекулы
Слайд 19ОГРАНИЧЕНИЕ МЕТОДА:
С ПОМОЩЬЮ РЕНГГЕНОВСКИХ ЛУЧЕЙ МОЖНО ИССЛЕДОВАТЬ ТОЛЬКО ТЕ
БЕЛКИ, КОТОРЫЕ КРИСТАЛЛИЗУЮТСЯ.
ЭТО СУЖАЕТ ОБЛАСТЬ ПРИМЕНИМОСТИ МЕТОДА РЕНТГЕНСТРУКТУРНОГО АНАЛИЗА.
ПРИЧИНА: кристаллы
обладают строгой периодичностью строения и представляют собой природную дифракционную решётку для рентгеновских лучей.
Слайд 20МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ МАССЫ, РАЗМЕРОВ, ГИБКОСТИ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ ИСПОЛЬЗУЮТСЯ
ЭЛЕКТРОФОРЕЗ
ВИСКОЗИМЕТРИЯ
СЕДИМЕНТАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ
КВАЗИУПРУГОЕ
РАССЕЯНИЕ СВЕТА
ЭЛЕКТРОННАЯ МИКРОСКОПИЯ
Слайд 21МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ ИСПОЛЬЗУЮТСЯ
СПЕКТРОФОТОМЕТРИЯ
ИНФРАКРАСНАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ
КРУГОВОЙ ДИХРОИЗМ
ДИСПЕРСИЯ ОПТИЧЕСКОГО
ВРАЩЕНИЯ
Слайд 22ДЛЯ ИССЛЕДОВАНИЯ ДИНАМИКИ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ ИСПОЛЬЗУЮТСЯ
ФЛУОРЕСЦЕНТНАЯ СПЕКТРОСКОПИЯ
ЯМР
ЭПР
МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
Слайд 24УРОВНИ ОРГАНИЗАЦИИ БЕЛКА
ЧЕТВЕРТИЧНАЯ
ТРЕТИЧНАЯ
ВТОРИЧНАЯ
ПЕРВИЧНАЯ
Слайд 25ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА БЕЛКА
Слайд 26УРОВНИ ОРГАНИЗАЦИИ БЕЛКА
(ПО ШУЛЬЦУ И ШИРМЕРУ)
Слайд 27СИЛЫ, СТАБИЛИЗИРУЮШИЕ СТРУКТУРУ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
Слайд 28ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ, СТАБИЛИЗИРУЮЩИЕ СТРУКТУРУ БИОМАКРОМОЛЕКУЛ
СИЛЬНЫЕ СВЯЗИ
КОВАЛЕНТНЫЕ
ИОННЫЕ
СЛАБЫЕ СВЯЗИ
ВАН-ДЕР-ВААЛЬСОВЫ
ГИДРОФОБНЫЕ
ПРОМЕЖУТОЧНЫЕ СВЯЗИ
ВОДОРОДНЫЕ
Слайд 29ЭНЕРГИЯ ТЕПЛОВЫХ КОЛЕБАНИЙ – 2,5 кДж/моль
Слайд 30Схемы перекрывания орбиталей при образовании s -, p -, d
-связей
КОВАЛЕНТНЫЕ СВЯЗИ
Слайд 31Ионная связь – взаимодействие двух нейтральных атомов которое сопровождается истинным
переносом электрона от одного атома к другому, образуются при этом
анионы и катионы.
Образование ионов Na+ и Cl-
Слайд 321
2
3
1 – ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКИЕ СИЛЫ 4 – ВАН-ДЕР-ВААЛЬСОВЫ СИЛЫ
2 – ВОДОРОДНАЯ СВЯЗЬ
3
– ГИДРОФОБНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
4
Слайд 33
ЭНЕРГИЯ ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКОГО ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ЗАВИСИТ ОТ ВЕЛИЧИНЫ ЗАРЯДОВ ЧАСТИЦ И РАССТОЯНИЯ
МЕЖДУ НИМИ
q1 и q2 – электрические заряды; ε - диэлектрическая
проницаемость; εо – электрическая постоянная (8,85·10-12Кл/В ·м )
ЭЛЕКТРОСТАТИЧЕСКОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ
Слайд 34ВАН-ДЕР-ВААЛЬСОВЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
Ян-Дидерик
ВАН-ДЕР-ВААЛЬС
(1837 - 1923)
Слайд 35l1
l2
r
-
+
-
-
+
ОРИЕНТАЦИОННОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ
Слайд 36Схема взаимодействия между полярными молекулами
Слайд 37ИНДУКЦИОННОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ
- поляризуемость,
μ - дипольный момент
Слайд 38
ДИСПЕРСИОННОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ
I1 I2 - потенциалы ионизации
α1 и α2 – поляризуемость
групп
Слайд 40ВОДОРОДНЫЕ СВЯЗИ
ВОДОРОД ХИМИЧЕСКИ СВЯЗАН С ОДНИМ ЭЛЕКТРООТРИЦАТЕЛЬНЫМ АТОМОМ
И ПРИ ЭТОМ ПРИБЛИЖАЕТСЯ К ДРУГОМУ ЭЛЕКТРООТРИЦАТЕЛЬНОМУ АТОМУ.
Слайд 41АНОМАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА ВОДЫ:
ВЫСОКАЯ ТЕМПЕРАТУРА КИПЕНИЯ (373К) И
ТЕМПЕРАТУРА ЗАМЕРЗАНИЯ (273К)
ДЛЯ ЕЕ МАЛОГО МОЛЕКУЛЯРНОГО ВЕСА.
ДЛЯ СРАВНЕНИЯ: О2 КИПИТ ПРИ 90К
И ЗАМЕРЗАЕТ ПРИ 54К.
ПРИЧИНА АНОМАЛЬНЫХ СВОЙСТВ ВОДЫ – НАЛИЧИЕ ВОДОРОДНЫХ СВЯЗЕЙ.
Слайд 43
Распределение зарядов и электронной плотности в молекуле воды
В1999 г.
было экспериментально показано, что водородная связь между молекулами воды во
льду имеет частично (на 10%) ковалентный характер [Isaacs E. D., et al.,1999].
Слайд 45Водородные связи между молекулами воды
Слайд 46Водородные связи между молекулами воды (лед)
Слайд 48Четыре связи каждой молекулы Н2О локально организованы в тетраэдрическую структуру,
т.е. четыре близлежащие молекулы располагаются в вершинах трехгранной пирамиды, в
центре которой находится пятая молекула воды.
Слайд 49ТЕОРИИ СТРУКТУРЫ ВОДЫ
Впервые идея о том, что вода имеет сложную
структуру появилась в конце XIX века.
20-е годы XX века: установлена
структура льда.
30-е годы XX века: предположение, что подобная трехмерная сетка присутствует и в жидкой воде.
1951 г: Дж. ПОПЛ создает модель непрерывной структуры воды (континуальная модель).
2-я половина XX века: 2 группы «смешанных» моделей – кластерная и клатратная.
Слайд 50Модель непрерывной структуры воды (континуальная модель).
Слайд 51КЛАСТЕРНЫЕ МОДЕЛИ
ВОДА В ВИДЕ КЛАСТЕРОВ ИЗ МОЛЕКУЛ, СОЕДИНЕННЫХ ВОДОРОДНЫМИ СВЯЗЯМИ,
КОТОРЫЕ ПЛАВАЮТ В МОРЕ МОЛЕКУЛ, В ТАКИХ СВЯЗЯХ НЕ УЧАСТВУЮЩИХ
МОДЕЛЬ
Г.НЕМЕТИ И Х. ШЕРАГИ
Кластеры связанных молекул, которые плавают в море несвязанных молекул
Слайд 52Модель мерцающих кластеров, Фрэк и Уэн, 1957 г.
Водородные связи
в воде непрерывно образуются и рвутся, причем эти процессы протекают
кооперативно в пределах короткоживущих групп молекул воды, названных “мерцающими кластерами”. Их время жизни оценивают в диапазоне от 10-10 до 10-11 с.
Слайд 53КЛАТРАТНАЯ МОДЕЛЬ ВОДЫ
ВОДА ОБРАЗУЕТ НЕПРЕРЫВНУЮ СЕТКУ (КАРКАС) БЛАГОДАРЯ ВОДОРОДНЫМ СВЯЗЯМ,
НО СОДЕРЖИТ ПУСТОТЫ. В НИХ РАЗМЕЩАЮТСЯ МОЛЕКУЛЫ ВОДЫ, НЕ ОБРАЗУЮЩИЕ
СВЯЗЕЙ С МОЛЕКУЛАМИ КАРКАСА.
АВТОРЫ ПЕРВЫХ ТЕОРИЙ – О.Я.САМОЙЛОВ, Л. ПОЛИНГ
Слайд 54В 1993 году американский химик Кен Джордан предложил свои варианты
кластеров - устойчивых “ассоциатов воды”, которые состоят из 6 её
молекул [Tsai & Jordan, 1993]. Эти кластеры могут объединяться друг с другом и со “свободными” молекулами воды за счет экспонированных на их поверхности водородных связей.
Слайд 55Структура жидкой воды.
В воде кластеры периодически разрушаются и образуются
снова. Время перескока составляет 10-12 секунд.
Слайд 56
Некоторые возможные структуры кластеров воды
Слайд 57Формирование отдельного кластера воды (компьютерное моделирование)
Слайд 58Объединяясь друг с другом, кластеры могут образовывать более сложные структуры
Слайд 60ЭНТРОПИЙНАЯ ПРИРОДА ГИДРОФОБНЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ
СНИЖЕНИЕ ЭНТРОПИИ ВЫЗЫВАЕТ УВЕЛИЧЕНИЕ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ, НО
ЭТО КОМПЕНСИРУЕТСЯ СНИЖЕНИЕМ ЭНТАЛЬПИИ
Слайд 61ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ВОДЫ С ПОЛЯРНЫМИ ГРУППАМИ
Слайд 62
Термодинамика переноса типичной неполярной молекулы, циклогексана (СН2)6, из пара (вверху)
в воду (справа), а также в жидкий циклогексан (слева), и
из него в воду. Цифры примерно соответствуют процессам при 25оС (т.е. при Т 300оК; при этом RT 0.6 ккал/моль).
Слайд 63ИЗМЕНЕНИЕ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ПРИ РАСТВОРЕНИИ НЕПОЛЯРНЫХ ВЕЩЕСТВ
РЕЗУЛЬТАТ: ОТТАЛКИВАНИЕ ВОДОЙ НЕПОЛЯРНЫХ
ВЕЩЕСТВ, КОТОРЫМ ТЕРМОДИНАМИЧЕСКИ ВЫГОДНЕЕ ВЗАИМОДЕЙСТВОВАТЬ ДРУГ С ДРУГОМ, А НЕ
С ВОДОЙ. ЭФФЕКТ ОТТАЛКИВАНИЯ ВОДОЙ НЕПОЛЯРНЫХ МОЛЕКУЛ – ГИДРОФОБНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
Слайд 64ГИДРОФОБНЫЕ ВЗАИМОДЕЙСТИЯ НА ПРИМЕРЕ ЛИПИДОВ