Курс Молекулярная биология клетки Основные концепции современной молекулярной

стабильность генома. Структура ДНК, процессы репликации ДНК, репарации и пространственной

организации генома.

Реализация наследственной информации. Процессы, лежащие в основе "работы" (экспрессии) генов — транскрипция, трансляция. Жизненный цикл мРНК и посттрансляционная судьба белковых молекул.

Клетка и окружающая среда. Взаимодействие клетки с окружающими её клетками через прямые межклеточные контакты и химические сигналы. Обмен веществ (метаболизм) и клеточный цикл.

"О геномах" СФУ.

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M.,

Roberts K., Walter P. Molecular Biology of the Cell; издание 5-ое или 6-ое. («Молекулярная биология клетки», в 2-х томах, переведено на русский язык издательством НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика" ). 

https://www.coursera.org/
https://stepic.org/
http://postnauka.ru/
http://vk.com/molbio
http://icg.nsc.ru/lectures/

https://mipt.ru/dbmp/upload/7fa/lection07-arphlgocc07.pdf

https://lectoriy.mipt.ru/lecture/Biology-Molecular-L09-Skoblov-141029.01#synopsis

AsRNA могут подавлять и активировать экспрессию гена-мишени.
AsRNA - регуляторные элементы

со специфическим действием (метилирование ДНК; столкновение РНК-полимераз – стоп транскрипция).
Синтетические антисмысловые РНК используют для нокдауна генов.

способность кодировать белок и не экспрессирующиеся в клетке. Термин «псевдоген»

был предложен в 1977 году.
Псевдогены происходят от обычных функциональных генов, однако утрачивают способность экспрессии в результате появление стоп-кодонов, сдвига рамки считывания.
Пример — семейство Alu-повторов. В геноме человека более 1 млн Alu-повторов (или около 11% генома).
Анализ генетической последовательности псевдогенов и сравнение их с предковыми генами может быть использовано при изучении родственных связей между различными видами живых существ и их происхождения.

В геноме человека содержится около 1 млн копий Alu-повтора, что составляет около 10,7 % от всего генома.[2] Только 0,5 % от общего числа Alu-повторов полиморфны

такое ориджин репликации;
почему при репликации одна цепь воспроизводится непрерывно, а

другая — фрагментами;
какие основные виды ДНК-полимераз встречаются и в чем их основные отличия.
терминация процесса репликации

бактерии Е. coli фермент ДНК-полимеразу (ДНК-полимераза I).

• Этот фермент

осуществлял синтез ДНК при наличии в реакционной смеси
- АТФ (энергия)
- 4 нуклетотида (А, Т, Г, Ц)
- ДНК (праймер для новой цепи)
• В 1959 г. получил Нобелевскую премию «За открытие механизмов биологического синтеза РНК и ДНК».

Артур Корнберг
(1918-2007)

ДНК по принципу комплементарности
ДНК-лигаза – фермент катализирующий образование фосфодиэфирных

связей между 5'-фосфорильной и 3'-гидроксильной группами соседних дезоксинуклеотидов в местах разрыва двуцепочечной ДНК
ДНК-хеликаза – фермент разделяющий цепи двухцепочечной ДНК на одинарные.
ДНК-топоизомераза - фермент изменяющий степень сверхспиральности ДНК, путем внесения одноцепочечных разрывов в ДНК.
ДНК-праймаза — синтезирует короткий фрагмент РНК праймер («затравка»), с которого начинается синтез ДНК.

) - по две точки начала репликации.
Геном бактерий (1 ДНК

) - одна точка начала репликации.
Геном архей (1 ДНК ) - от одной до четырёх точек начала репликации.
Геномы эукариот - множество точек начала репликации в каждой хромосоме  (до 100 тыс в одной клетке человека).

Большое количество точек начала репликации помогает ускорить процесс удвоения значительно большего, относительно прокариот, генетического материала.

Теодор Динер, открыл
вироиды
(1971 г.)

ori

эукариот на одну хромосому приходится много ориджинов репликации, а у

бактерий — один
У бактерий на одну хромосому приходится несколько ориджинов репликации, а у эукариот — один
И у эукариот, и у прокариот на одну хромосому приходится много ориджинов репликации
У эукариот, в отличие от прокариот, нет ориджина репликации

эукариот:
У эукариот инициация репликации происходит за счет активации ДНК-геликазы под

воздействием специфических сигналов
Для нормальной инициации репликации совершенно не важна последовательность нуклеотидов в ориджине репликации
У бактерий для инициации репликации не нужны белковые факторы
Вилка репликации перемещается по хромосоме за счет активности ДНК-геликазы

DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth // Jpn

J Med Sci Biol. 1967 Jun;20(3):255-260.

Tsuneko and Reiji Okazaki

http://www.aip.nagoya-u.ac.jp/en/public/nu_research/features/detail/0003970.html

ДНК-лигаза

другой — прерывисто?

ДНК-полимераза способна синтезировать новую цепь только от ее 3'-конца

к 5'-концу
Две матричные цепи ДНК содержат разное количество нуклеотидов
Одна из цепей формирует вторичные структуры, мешающие проходу полимеразного комплекса
ДНК-полимераза способна синтезировать новую цепь только от ее 5'-конца к 3'-концу

зависит от бета-субъединицы
Все ДНК-полимеразы являются мультисубъединичными комплексами
Альфа

субъединица ДНК полимеразы III выполняет основную каталитическую функцию

заканчивается репликация ДНК.
На кольцевой хромосоме несколько Ter- участков (A-G).

Полная остановка репликации проходит на центральном TerC-сайте. 
Ter-сайты содержат в составе консенсусные последовательности, с которыми связывается белок tus.
Только прочный комплекс белка tus с последовательностью C6 в составе TerC полностью останавливает репликативный комплекс.

Окончание репликации ter (terminus) находятся на противоположной стороне от ориджина кольцевой хромосомы E. coli. Ter сайты работают как ловушки: репликационная вилка попадает и не выходит из этой области в 450 тысяч пн. Имеется 6 ter сайтов терминации. Белок Tus связывается с ter сайтами и останавливает гиликазу DnaB. Синтез ведущей цепи ДНК останавливается в 1 нуклеотиде от места связывания белка Tus. Ter сайты работают только в одном направлении. Для каждого раунда репликации, только один сайт терминации обычно используется. Остановившаяся на сайте терминации вилка ждет другую вилку, которая придет с другой стороны.

E.coli

Терминация происходит, когда сливаются репликационные пузырьки (вилки репликации встречаются).
В терминации

репликации принимает участие фермент РНКаза H (у человека) или экзонуклеаза (у дрожжей), которая удаляет РНК праймер, а ДНК-лигаза сшивает получившуюся брешь.
В отличие от лидирующей цепи, которая реплицируется полностью, праймер, находящийся у З’-конца отстающей цепи, разрушается и не реплицируется при помощи ДНК-полимераз.
Для предотвращения укорачивания цепи на концах хромосомы находятся теломеры — участки нереплицируемой ДНК. На этом участке ДНК может синтезироваться праймер, и полнота репликации сохранится.

Механизм действия ДНК-полимераз эукариот подобен таковому у прокариот. Отличия в процессе репликации заключаются в следующем: хромосома эукариот имеет линейную структуру, на обеих цепях расположено множество репликонов и соответствующее количество терминаторов.

Линейность ДНК эукариот является причиной проблем, которых не существует у прокариот, имеющих кольцевую ДНК. В отличие от лидирующей цепи, которая реплицируется полностью, праймер, находящийся у З’-конца отстающей цепи, разрушается и не реплицируется при помощи ДНК-полимераз. Для предотвращения укорачивания цепи на концах хромосомы находятся теломеры — участки нереплицируемой ДНК. На этом участке ДНК может синтезироваться праймер, и полнота репликации сохранится. Тсломсра состоит из большого числа повторов, например у человека: ТТАГГГ. Матрицей для теломеры является РНК, а специальный фермент теломераза, представляющий собой обратную транскриптазу, присоединяет эти фрагменты к З’-концу для сохранения исходных размеров хромосомы.

собой  многочисленные консервативные повторы TG, стабилизированные особыми теломерными белками. После

прохождения цикла репликации и укорочения теломер на 100-200 п.н. в эукариотах включается особый мультисубъединичный комплекс, называемой теломеразой. Он представляет собой по сути обратную транскриптазу, синтезирующую ДНК на базе специальной РНК-матрицы. Активность теломеразы позволяет предотвратить потенциально укорочение смысловой части на концах хромосом. Тем не менее, обычные соматические клетки практически лишены активности теломеразы, что делает возможным осуществить только 50-70 циклов деления, после чего клетки погибают. Этот феномен называется лимитом Хейфлика.

В 1960-е годы открыл ограничение числа делений у клеток человека в клеточной культуре: клетки умирают приблизительно после 50 делений, и имеют признаки старения при достижении данной границы
(предел Хейфлика)

Леонард Хейфлик

случае прокариотической клетки имеется лишь один ориджин, тогда как эукариотическая

клетка располагает несколькими ориджинами более сложной структуры.
OriC – АТ-богатый регион, являющийся ориджином репликаци у прокариот. АТ-пары облегчают плавление водородных связей в этом месте. Белок DnaA инициирует начало репликации, а также привлекает ДНК-геликазы (DnaB), расплетающие цепи ДНК.

посредством присоединения к ориджину (без явной консенсусной последовательности) белков ORC

вместе с геликазой Mcm2-7. Важно отметить, что переход к репликации, в отличие от прокариот, запускается особыми белками (Cdk, Ddk).
Синтез новой цепи ДНК в ходе элонгации производится ферментом ДНК-полимеразой, которая может работать только в направлении 5’ —> 3’, что приводит к неравной скорости синтеза ДНК на двух цепочках. На лидирующей цепи ДНК синтезируется непрерывно, а на противоположной (отстающей) прерывисто (фрагментами Оказаки)

(праймер) для начала репликации, наличие этой затравки обеспечивается праймазой, которая

синтезирует короткий РНК-праймер, который в дальнейшем будет удален при репликации. Топоизомеразы снимают напряжение, возникающее при сверхспирализации, ДНК-лигаза сшивает фрагменты Оказаки в единую молекулу, SSB(Rpa)-белки стабилизируют одноцепочечные фрагменты ДНК.
Для координации репликационного комплекса необходимо близкое расположение ферментов синтеза ДНК на обоих цепях, что достигается путем выпетливания одноцепочечных участков на отстающей цепи (формируется "тромбонная петля"). 

ДНК-полимераза I задействована в синтезе фрагментов Оказаки, а также в

репарации ДНК вместе с полимеразой II. IV и V полимеразы обеспечивают синтез ДНК при стрессовых воздействиях.
ДНК-полимеразы различаются по процессивности и уровню ошибок.  Все ДНК-полимеразы можно отнести к нескольким семействам. Главная репликативная полимераза бактерий (III) относится к семейству С, а репликативные полимеразы эукариот к семейству В. При этом для обоих этих полимераз нормальная частота ошибок составляет около 10-6.