Слайд 1Основы биохимии.
Лекция №2
Аминокислоты.
Пептиды.
Белки.
Слайд 2Аминокислоты и пептиды
Белки – природные высокомолекулярные полимеры, состоящие из остатков
α-аминокарбоновых кислот, связанных амидной (пептидной) связью.
Характерны неразветвленные пептидные связи
Высокая молекулярная
масса (кол-во аминокислотных остатков в белках 50 – 1000 )
Число аминокислот = n Возможное число пептидов = n!
2 2
4 24
10 3 628 800
20 2· 10¹²
Всего в природе насчитывается несколько млрд различных белков
Слайд 3Строение белков
N-конец
C-конец
Пептидная связь
Слайд 5Структура аминокислот
α - аминокарбоновые
кислоты
R - заместители
различной природы
20 стандартных
аминокислот
Слайд 7Стандартные аминокислоты (20 а.к.)
Глицин (Gly)
Аланин (Ala)
Пролин (Pro)
Валин (Val)
Метионин (Met)
Изолейцин (Ile)
Лейцин
(Leu)
Неполярные алифатические R группы
Слайд 8Стандартные аминокислоты (20 а.к.)
Серин (Ser)
Треонин (Thr)
Цистеин (Cys)
Глутамин (Gln)
Аспарагин (Asn)
Полярные незаряженные
R группы
Слайд 9Стандартные аминокислоты (20 а.к.)
Фенилаланин (Phe)
Тирозин (Tyr)
Триптофан (Trp)
Ароматические R группы
Слайд 10Стандартные аминокислоты (20 а.к.)
Лизин (Lys)
Аргинин (Arg)
Гистидин (His)
Положительно заряженные R группы
Слайд 11Стандартные аминокислоты (20 а.к.)
Аспартат (Asp)
Глутамат (Glu)
Отрицательно заряженные R группы
Слайд 12Нестандартные аминокислоты
4-Гидроксипролин
5-Гидроксилизин
6-N-Метиллизин
γ-Карбоксиглутамат
Десмозин
Селеноцистеин
Слайд 13Открытие аминокислот в составе белков
Аминокислота
Год
Источник Кто впервые выделил
Глицин 1820 Желатина А. Браконно
Лейцин 1820 Мышечные волокна А. Браконно
Тирозин 1848 Казеин Ф. Бопп
Серии 1865 Шелк Э. Крамер
Глутаминовая к-та 1866 Растительные белки Г. Риттхаузен
Аспарагиновая к-та 1868 Ростки спаржи Г. Риттхаузен
Фенилаланин 1881 Ростки люпина Э. Шульце, И, Барбьери
Аланин 1888 Фиброин шелка Т. Вейль
Лизин 1859 Казеин Э. Дрексель
Аргинин 1895 Вещество рога С. Гедин
Гистидин 1896 Гистоны А. Кессель
Цистин 1899 Вещество рога К. Мёрнер
Валин 1901 Казеин Э. Фишер
Пролин 1901 Казеин Э. Фишер
Гидроксипролин 1902 Желатина Э. Фишер
Триптофань 1902 Казеин Ф.Гопкинс, Д, Кол
Изолейцин 1904 Фибрин Ф.Эрлих
Метионин 1922 Казеин Д. Мёллер
Треонин 1925 Белки овса С. Шрайвер и др.
Гидроксилизин 1925 Белки рыб С. Шрайвер и др.
Слайд 14Классификация аминокислот
По химической структуре
По отношению к воде (гидрофильные и гидрофобные)
По
кислотно-основным свойствам:
Кислые
а.к. Asp, Glu (2)
Основные а.к. Lys, Arg, His (3)
Нейтральные а.к. (15)
4. По пищевой ценности:
Заменимые а.к. (10) (синтезируются в организме)
Незаменимые а.к. (10) (должны поступать извне)
Val, Leu, Ile, Thr, Met, Phe, Trp, Lys, Arg, His
Слайд 15Физические свойства аминокислот
Белые кристаллические вещества
Имеют высокие и нехарактерные Тпл., разлагаются
при Т > 200°С
Растворимы в воде, растворах кислот и щелочей
Не
растворяются в неполярных растворителях
Обладают либо сладким, либо горьким вкусом
Слайд 16Кислотно-основные свойства аминокислот
Нейтральная
форма
Цвиттерионная
форма
Проявляют амфотерные свойства
В водных растворах при
рН 7 полностью диссоциированы - существуют в виде биполярных
ионов (цвиттер-ионов)
Ионизация а.к. зависит от рН раствора – для каждой а.к. имеется значение рНi (изоэлектрическая точка), при котором а.к. нейтральна:
Нейтральные а.к. рНi = 5,0 - 6,3
Кислые а.к. рНi = 2,8 - 3,2
Основные а.к. рНi = 7,6 - 10,8
Слайд 17Оптические свойства а.к.
L-Глицеральдегид
L-Аланин
D-Глицеральдегид
D-Аланин
Все стандартные а.к. (кроме Gly) обладают оптической активностью
и
относятся к L-ряду (число изомеров 2¹ или 2² (Thr, Ile)
Слайд 18Оптические свойства а.к.
L-Аланин
L-Аланин
L-Аланин
D-Аланин
D-Аланин
D-Аланин
Слайд 19Особенности Cys
Цистеин
Цистеин
Цистин
В составе белка остатки Cys подвергаются самопроизвольному
окислению с
образованием дисульфидных мостиков, которые
ковалентно связывают участки полипептидных цепей
Слайд 20Пептидная связь
Основной структурной единицей
белков и пептидов является
пептидная (амидная) связь
Слайд 21Образование пептидной связи
Пептидная (амидная)
связь
Пептидная связь C-N 0,132 нм
Одинарная
связь C-N 0,149 нм
Двойная связь С=N
0,127нм
Пептидная связь имеет характер “частично двойной” связи, является практически плоской
Слайд 22Строение пептидной связи
Особую природу пептидной связи C-N объясняют
существованием 2
резонансных форм (Л. Полинг, Р. Кори).
Связь C-N является частично кратной
из-за взаимодействия
неподеленной пары элекронов атома N c π -электронами
карбонильной группы С=О (р- π сопряжение).
Это приводит к затрудненному свободному вращению
вокруг связи C-N (барьер вращения 63-84 кДж/моль)
Слайд 23Строение пептидной связи
N-конец
C-конец
Пептидная связь имеет транс-конфигурацию
Пептидная связь может существовать
в плоской цис-форме:
В напряженных циклических системах (циклопептиды, производные пролина)
При большом размере заместителей у атома N (алкилированные производные)
Слайд 24Уровни структурной организации белка
Первичная
структура
Последовательность
аминокислот
α-Спираль
Полипептидная цепь
Ансамбль субъединиц
Вторичная
структура
Третичная
структура
Четвертичная
структура
Слайд 25Первичная структура белка
Первичная структура белка – это аминокислотная
последовательность белка, т.е. состав и расположение а.к. в полипептидной цепи
.
Образуется ковалентными пептидными
и дисульфидными связями !!!!
Слайд 26Вторичная структура белка
Вторичная структура белка– упорядоченные структуры
полипептидных цепей, стабилизированные
водородными связями
между пептидными СО и NH-группами.
Типы вторичных структур:
α-спираль
β-складчатая структура
неупорядоченный клубок (random coil)
Первичная структура
Вторичная структура
Слайд 27Вторичная структура белка - α-спираль
N-конец
C-конец
0,54 нм
3,6 а.к.
на 1 виток
Характеристики
α-спирали:
18 а.к. образуют 5 витков спирали
1 виток –
3,6 а.к., h = 0,54 нм
каждая а.к. образует водородную
связь СО - - -NH c четвертой по порядку
следования по цепи аминокислотой
Стабилизируют α-спираль:
Ala, Val, Leu, Phe, Trp, Met, His, Gln
Дестабилизируют α-спираль:
Gly, Glu, Asp, Ile, Lys, Arg, Tyr, Asn, Ser, Cys
Pro обычно расположен
на повороте α -спирали
Слайд 28Вторичная структура белка - α-спираль
В белках встречаются
только правые α-спирали
α-Спираль
характеризуется
предельно плотной упаковкой
скрученной полипептидной цепи
Водородные
связи
СО - -
-NH
Слайд 29Вторичная структура белка - β-складчатая структура
β-Складчатая структура или “складчатый лист”
– это ассоциат вытянутых зигзагообразных пептидных цепей, стабилизированный межцепочечными водородными
СО - - -NH связями
0,272 нм
Слайд 30Вторичная структура белка - β-складчатая структура
Параллельная структура
Антипараллельная структура
Вид сбоку
Вид сбоку
Слайд 31Сверхвторичная структура белка
Сверхвторичная структура – наличие ансамблей взаимодействующих между собой
вторичных структур.
Пример – агрегация α-спиралей (суперспирализованная система). ( Белок
α-кератин шерсти).
Т.о., полипептидная цепь белка содержит определенное число участков вторичной структуры (α, β), а также участки неупорядоченной структуры.
Слайд 32Третичная структура белка
Полипептидная цепь, содержащая определенное число участков вторичной структуры,
обычно свертывается в относительно компактную систему, в которой элементы вторичной
структуры взаимодействуют между собой
и с участками неупорядоченной структуры.
Для многих белков третичная структура эквивалентна
пространственной структуре белка
Каждый белок обладают своей уникальной пространственной структурой
Слайд 33Третичная структура белка
α
β
α/β
Слайд 34Четвертичная структура белка
Четвертичная структура характерна для белков, состоящих
из нескольких
полипептидных цепей.
Она возникает в результате ассоциации нескольких субъединиц в
компактную глобулу. Это взаимное расположение субъединиц
белка в пространстве.
4 субъединицы
в белке
2 субъединицы
в белке
12 субъединиц
в белке
Слайд 35Стадии образования нативной конформации белка ( Folding белков )
Образование пространственной
структуры белка – процесс сложный и многостадийный
36 а.к. – 1
мс
Слайд 36Folding белков. Белки - шапероны
Шапероны – это белки, которые
помогают полипептиду принять
Правильную пространственную структуру.
Белки теплового шока (Hsp) впервые
были описаны как шапероны
Слайд 37Проблема правильного сворачивания белка. Прионы
Нейродегенеративные болезни (губчатые энцефалопатии) вызывают
белковые
факоры – прионы, функционирующие как антишапероны
Слайд 38История открытия прионных болезней
1898 г. – необычное заболевание
овец «скрепи»
1939 г. – экспериментальное
заражение
овец болезнью «скрепи»
1961 г. – инфекционная природа «скрепи»
(заболевания клеток головного
мозга) доказана
1920 -1921 г. - выявлено новое заболевание у людей
(болезнь Крейцфельда –Якоба), оно
может возникать спонтанно,
передаваться по наследству,
а также инфекционным путем.
Слайд 39История открытия прионных болезней
1955 -1957 гг. , Папуа-Новая Гвинея
-
«куру» («смеющаяся смерть»),
новое эндемичное заболевание,
по симптомам схожее с
болезнью К.-Я.
1992 г., Англия
Эпидемия коровьего бешенства,
заболело примерно 180000 коров
Болезнь передавалась людям,
в конце 90-х годов скончалось
около 200 чел
Слайд 40Открытие прионов
1998 г., С.Б. Прузинер - Нобелевская премия за открытие
прионов
Прионы - это особые белковые молекулы: не содержат ни ДНК,
ни РНК;
- находятся в тканях здоровых людей и млекопитающих и не наносят вред;
- под влиянием некоторых факторов превращаются в маленькие частицы - патогенные;
- не подвластны многим воздействиям (выносят кипячение в течение 30 минут, высушивание до 2-х лет, замораживание в 2 раза больше, чем известные вирусы, химической обработке спиртами, кислотами, рентген облучение - не убивает прионы.
Только ферменты - трипсин, протеиназа в максимальных дозах денатурируют этот белок. (Иначе говоря, из всего живого прион погибает последним);
- накапливаются в мозгу человека или животного и вызывают там необратимые изменения, т.н. губчатые энцефалопатии,
размягчение мозга - у людей это БКЯ.
Слайд 41Устойчивость прионов к различным воздействиям
Слайд 42Неправильное сворачивание белка-приона –причина болезней
Накопление белковых агрегатов
в нервной ткани
Строение
нормального белка-приона (слева)
и аномально свернутого (справа)
Слайд 43Прионные болезни человека и животных
Слайд 442 модели превращения нормального α-спирального приона (РrРс) в неправильно свернутый
β-складчатый прион (РrPsc)
а – модель плохого шаблона
б – модель затравок
Слайд 45Возможные модели нейротоксического действия агрегатов
неправильно свернутых белков
Слайд 46Возможные способы для предотвращения неправильного сворачивания белка и его агрегации
Слайд 47Глобулярные и фибриллярные белки
Белки образуют при свертывании:
Компактные структуры сферической
формы (глобулуы) -
Глобулярные белки
Достаточно вытянутое волокно
- Фибриллярные белки
Волокна белка
коллагена
Миоглобин кита (синим цветом
показаны гидрофобные остатки а.к.,
красным цветом –остаток гема)
Слайд 48Глобулярные и фибриллярные белки
Глобулярные белки:
более сложные по конформации,
чем фибриллярные белки
способны выполнять самые разные функции в клетках
активность этих белков носит динамический характер (ферменты)
Свойства глобулярных белков:
водорастворимые и амфифильные (мембранные) белки – почти все гидрофобные R - группы скрыты внутри глобулы и экранированы от взаимодействия с Н2О, а гидрофильные R - группы находятся на поверхности глобулы в гидратированном состоянии.
Фибриллярные белки:
представляют собой вытянутые и складчатые структуры
выполняют в клетках и тканях структурную функцию
нерастворимые в воде, плотные белки
Примеры:
α-кератин, β-кератин, коллаген, эластин
Слайд 49Денатурация и ренатурация белка
Денатурация белка – это структурные изменения
в молекуле белка
(без разрыва ковалентных связей), которые приводят к
потере его
биологической активности.
Денатурацию белков ызывает нагревание, изменение рН, обработка
детергентами, органическими растворителями и др.
Денатурация белка – обратимая и необратимая.
Ренатурация – восстановление структуры и биологической активности
Нативный белок
Денатурированный белок
Слайд 50Как определить структуру белка
РСА (третичная и четвертичная структура)
Методы КД и
ДОВ (вторичная структура)
ИК- и ЯМР-спектроскопия высокого разрешения (вторичная и третичная
структура)
Электроно- и нейтронографические методы (третичная и четвертичная структура)
Слайд 51Функции белков
Регуляция
Движение
Структура
Катализ
Транспорт
Сигнализация
Третичная структура
Вторичная структура
Первичная структура
Четвертичная структура
Супрамолекулярная структура
Функции
Слайд 52Белки-Ферменты
Ферменты – это специфические и высокоэффективные катализаторы
биохимических реакций, протекающих
в живой клетке (скорость реакции может увеличиваться в 10¹º раз).
Особенности белков-ферментов:
Высокая активность
Высокая специфичность
Высокая стереоспецифичность
Слайд 53Белки-Ферменты растительного происхождения
Фермент бромелин из ананаса
Фермент папаин из плодов
папайи
Слайд 54Белки-Ферменты
Принципы ферментативной кинетики
Слайд 56Активный центр ферментов
Активный центр фермента может состоять:
только из а.к.
остатков белка – лактатдегидрогеназа (а),
содержать ионы металлов -
алкогольдегидрогеназа (б),
ионы металлов в составе сложных органических молекул – гем (в, г)
Слайд 57Транспортные белки
Транспортные белки участвуют в переносе различных веществ и ионов.
Примеры:
Гемоглобин
( переносит О2 от легких к тканям )
Миоглобин ( переносит
О2 в мышечной ткани )
Цитохром с (транспорт электронов в дыхательной цепи)
Сывороточный альбумин (транспорт жирных кислот в крови)
Мембранные белки – каналообразователи (транспорт веществ и ионов через биологические мембраны)
Слайд 58Гемоглобин
Структура гема
Структура активного
центра гемоглобина
Гемоглобин –тетрамер:
2 α-субъединицы (141 а.к.)
2 β-субъединицы (146
а.к.)
Слайд 59Гемоглобин и миоглобин
Структура миоглобина
Кривые оксигенации
миоглобина (а)
и гемоглобина (б)
Слайд 60Гемоглобин
Серповидноклеточная анемия – это
“молекулярная болезнь” гемоглобина, наследственная генетическая аномалия.
Серповидные
эритроциты очень хрупкие, легко разрываются – низкий уровень гемоглобина в
крови, а также эритроцитами неправильной формы блокируются кровенсные капилляры.
Аномальный гемоглобин – гемоглобин S:
замена Glu (6) → Val (6) (2 а.к. из 574 !!!)
Слайд 61Транспортные белки
Мембранные белковые каналы
К –канал бактерий
+
Слайд 62Защитные белки
Защитные белки участвуют в проявлении защитных реакций организма.
Белки иммунной
системы (иммуноглобулины, белки системы комплемента (20 белков), антигены тканевой совместимости,
интерлейкины, интерфероны и т.п.)
Белки системы свертывания крови (фибриноген, фибрин, тромбин)
Структура Ig
Связыванием иммуноглобулином (Ат) чужеродной молекулы (Аг)
Слайд 63Пищевые и запасные белки
Пищевые белки:
Казеин молока
Альбумин яичный
Глиадин пшеницы
Зеин ржи
Запасные белки:
Ферритин
(“депо” Fe в селезенке)
Слайд 64Белки-гормоны
Гормоны – биологически активные регуляторы, вырабатываются в эндокринных железах и
разносятся по кровяному руслу к клеткам-мишеням.
Существует 3 класса гормонов
– пептидно-белковые, стероидные, биогенные амины (адреналин).
Белковые гормоны – все гормоны гипоталамуса, некоторые гормоны гипофиза и др. (соматотропин, тиротропин, гонадотропин, пролактин, инсулин, паратропин).
Пептидные гормоны – окситоцин, вазопрессин, глюкагон, гастрин, кальцитонин, тканевые гормоны брадикинин и ангиотензин.
Слайд 65ЦНС
Гипоталамус
Гормоны гипоталамуса
Передняя доля гипофиза
Задняя доля гипофиза
Первичные
мишени
Вторичные
мишени
Конечные
мишени
Сенсорные сигналы
Функциональная иерархия
гормональной
регуляции
Слайд 66Рецепторные белки
Рецепторные белки:
Родопсин зрительного аппарата животных (восприятие и преобразование световых
сигналов)
Бактериородопсин галофильных бактерий
Мембранные белки - рецепторы различных гормонов (передают сигнал
от гормона внутрь клетки и обеспечивают запуск механизма клеточного ответа)
Рецепторы клеточной поверхности эритроцитов, лимфоцитов, макрофагов (выработка организмом иммунного ответа)
Рецепторы нейропептидов головного мозга (регуляция поведения и высшей нервной деятельности)
Слайд 67Рецепторные белки
Мембранные белки - рецепторы различных гормонов (передают сигнал от
гормона внутрь клетки и обеспечивают запуск механизма клеточного ответа)
Слайд 68Регуляторные белки и пептиды
Регуляторные белки необходимы для функционирования различных звеньев
клеточного метаболизма:
Гистоны, репрессоры, рибосомальные факторы инициации транскрипции и т.п. (регулируют
активность генов и биосинтез белка).
“Воротные” белки мембранных каналов (регулируют транспорт через биомембраны).
Слайд 69Структурные белки
Структурные белки составляют остов многих
тканей
и органов.
Являются фибриллярными белками
Это белки соединительной ткани:
коллаген (кости, хрящи, кожа, сухожилия)
α- и β-кератины (волосы, шерсть, чешуя, панцири и т.д.)
эластин (связки, стенки сосудов и др.)
фиброин (шелк, паутина)
протеогликаны (клеточные стенки бактерий)
Слайд 70Структурные белки
Коллаген образует основу сухожилий, хрящей, кожи, зубов и костей
.
Структурная единица волокон коллагена – тропоколлаген.
Тропоколлаген – это ассоциат
из 3-х навитых друг на друга полипептидных цепей ( по 1000 а.к.), каждая из которых образует изломанную спираль особого типа (21% Pro и ГидроксиPro). Фибриллы коллагена нерастяжимы и имеют большую прочность на разрыв.
Тропоколлаген
Фибриллы
коллагена
Коллаген
Слайд 71Структурные белки
Поперечное сечение волоса
α- Кератины – нерастворимые в воде, плотные
белки
(присутствие большого числа α-спиральных участков –
2-3 а.к. цепи
закручиваются одна вокруг другой):
Волосы, шерсть, чешуя рыб, рога, копыта, панцири и т.п.
Слайд 72Структурные белки
α- Кератин
Пример биохимической технологии
Что здесь изображено?
Слайд 73Структурные белки
β- Кератин – фиброин (шелка и паутины):
нерастворимый в
воде, слабо растяжимый белок
имеет антипараллельную β - складчатую
структуру
Структура фиброина шелка
“Производство” белка-фиброина
пауком
Слайд 74Двигательные белки
Двигательные белки :
Актин и миозин
(сократительный
аппарат
мышц)
Динеин (реснички и жгутики
простейших)
Спектрин (мембраны эритроцитов)
Слайд 75Антибиотики белково-пептидной природы
Антибиотики – химические агенты, продуцируемые микроорганизмами, обладают прямым
и избирательным ингибирующим действием на живые клетки (антибактериальные, противовирусные, противогрибковые,
противоопухолевые антибиотики).
Пептидные антибиотики: грамицидины А, В, С, S, полимиксины, актиномицины, валиномицин и многие другие.
Белковые антибиотики: неокарциностатин, актиноксантин и другие.
Слайд 76Токсины пептидно-белковой природы
Белками являются самые мощные из известных токсинов микробного
происхождения:
Ботулинический токсин
Столбнячный токсин
Дифтерийный токсин
Холерный токсин
Белки – зоотоксины (змей, скорпионов, пауков,
и др.)
Белки – фитотоксины (рицин из клещевины)
Пептидные токсины (ядовитых грибов, яда пчел, морских беспозвоночных)
Слайд 77Пептиды со вкусовыми качествами
Пептиды со вкусовыми качествами:
Заменители сахара – аспартам
Asp-Phe-OMe (в 200 раз слаще сахара, низкая калорийность)
“Вкусный пептид” Lys-Gly-Asp-Glu-Glu-Ser-Leu-Ala
(получают при обработке мяса папаином)
Белки с интенсивным сладким вкусом – тауматин (207 а.к.) и монеллин (94 а.к.) из плодов африканских растений (слаще сахара в 100 000 раз)
