Фуэндетодо-се, небольшой деревушке, затерявшейся среди арагонских скал на севере Испании.
В семье мастера-позолотчика Хосе Гойи росло трое сыновей: Франсиско был младшим. Один его брат, Камилло, стал священником; второй, Томас, пошел по стопам отца. Образование братьям Гойя удалось получить весьма поверхностное, и потому Франсиско всю жизнь писал с ошибками. К концу 1750-х годов семья переехала в Сарагосу. Около 1759 года (то есть в возрасте 13 лет) Франсиско поступил в ученики к местному художнику Хосе Лу-сан-и-Мартинесу. Учение продлилось около трех лет. Большую часть времени Гойя копировал гравюры, что вряд ли могло ему помочь постигнуть азы живописи. Правда, свой первый официальный заказ Франсиско получил именно в эти годы — от местной приходской церкви. Это была рака для хранения мощей.В 1763 году Гойя перебрался в Мадрид, где пытался поступить в Королевскую академию Сан-Фернандо. Потерпев неудачу, молодой художник не опустил руки и вскоре стал учеником придворного живописца Франсиско Бай-еу.
В 1773 году он женился на Хосефе Байеу. Это поспособствовало его утверждению в художественном мире того времени. Хосефа приходилась сестрой упомянутому Франсиско Байеу, пользовавшемуся немалым влиянием.
У Гойи и Хосефы родилось несколько детей, но все они, за исключением Хавьера (1784—1854), умерли в младенческом возрасте. Этот брак продолжался до самой смерти Хосефы, наступившей в 1812 году.
В 1780 году Гойю наконец-то приняли в Королевскую академию Сан-Фернандо.
Зимой 1792—93 годов безоблачной жизни преуспевающего художника пришел конец. Гойя отправился в Кадис навестить своего друга, Себастьяна Мартинеса. Там он перенес неожиданную и загадочную болезнь. Некоторые исследователи полагают, что причиной этой болезни могло отравление ядом. Как бы то ни было, художника постиг паралич и частичная потеря зрения. Следующие несколько месяцев он провел на грани между жизнью и смертью.
В 1795 году Гойя стал директором живописного отделения Королевской академии Сан-Фернандо.
Этот период отмечен обращением к более свободной технике рисунка и гравюры и серьезными занятиями офортом. Первая серия из 80 офортов, объединенных названием «Капричос», была опубликована в 1799 году и поразила всех острой социальной сатирой, соединением гротеска и реальности и новизной художественного языка. К религиозным работам Гойи этого периода относится оформление церкви Сан-Антонио де ла Флорида в Мадриде (1798), выполненное им всего за три месяца. В эти же годы художник создал целый ряд портретов. Среди них — портрет герцогини Альбы, с которой в 1796-97 годах у художника была связь. Считается, что именно она позировала Гойе для знаменитой «Махи обнаженной».
Последние годы своей жизни Гойя провел во Франции в Бордо, где и умер 16 апреля 1828 года, в возрасте 82 лет. Его прах был перевезен на родину и захоронен в мадридской церкви Сан-Антонио де ла Флорида. Той самой церкви, стены и потолок которой когда-то расписал художник.