Разделы презентаций
- Разное
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики
Содержание
- 1. Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики
- 2. Свободная энергия?
- 3. Свободная энергия Гиббса
- 4. Свободная энергия Гиббса
- 5. Предсказательная силаМожет указать состояние, к которому придёт
- 6. Вероятность найти систему в состоянии i
- 7. Как посчитать?Средняя потенциальная энергия!
- 8. Растворениерастворительрастворённаямолекуламолекула1)2)ансамбль 1ансамбль 2Выполнить моделирование для состояния 1,
- 9. Метод ВидомаПример: внедряется частица: Neв раствор C8E6
- 10. Растворение большой молекулырастворительрастворённаямолекуламолекула1)2)ансамбль 1ансамбль 2
- 11. Перекрывание фазовых пространствPohorille, A., Jarzynski, C., Chipot,
- 12. Перекрывание фазовых пространств(подбирать одежду в отделе с другими размерами)
- 13. Перекрывание фазовых пространствЧтобы понять другого человека, нужно быть им!
- 14. Растворение большой молекулыЧто делать?
- 15. Растворение большой молекулыAB…G – функция состояния, не зависит от выбранного пути
- 16. Алхимические превращенияРаботает хорошо, но не с потенциалами, обладающими сингулярностями: Леннард-Джонс, Кулон
- 17. Мягкое ядро (soft core)вместо линейного приближения используют:
- 18. На практике
- 19. Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
- 20. Слайд 20
- 21. Перекрывание распределений
- 22. Или суммировать с весами?MBAR (Multistate Bennett Acceptance
- 23. Свободная энергия растворения C8E61 solute molecule
- 24. Растворение нескольких молекул
- 25. Термодинамический цикл
- 26. Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
- 27. Umbrella sampling……
- 28. Потенциал средней силыГлицирризиновая кислота
- 29. PMF
- 30. Нифедипин
- 31. Слайд 31
- 32. Сходимость PMF
- 33. ЛитератураBerk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop
- 34. ЛитератураPohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010).
- 35. Thank you!
- 36. Диффузия и проницаемость
- 37. Диффузия и проницаемость
- 38. PMF для разных молекул
- 39. Проницаемость: корреляция теории и эксперимента
- 40. Проницаемость: предсказание
- 41. Скачать презентанцию
Свободная энергия?
Слайды и текст этой презентации
Слайд 1Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики
Ким Александра Валерьевна,
Институт химической
кинетики и горения СО РАН,
Слайд 5Предсказательная сила
Может указать состояние, к которому придёт система рано или
поздно.
Предсказать вероятность нахождения интересующего состояния
растворима ли молекула,
свяжутся ли молекулы и
т.д.
Слайд 8Растворение
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Выполнить моделирование для состояния 1, а затем пересчитать
энергию для полученной траектории
mdrun -rerun traj.trr
с параметрами состояния 2.
Запустить также
моделирование состояния 1 с топологией системы 2. И получить разницу потенциальных энергий.
Слайд 9Метод Видома
Пример:
внедряется частица: Ne
в раствор C8E6 в воде.
Widom, B. "Potential-distribution
theory and the statistical mechanics of fluids." JPC 86.6 (1982):
869-872.Paschek, D. et. al. // Heat capacities: liquids, solutions and vapours. – 2010.
Частица внедряется виртуально!
(очень быстро считается)
(пример для малых молекул)
Слайд 10Растворение большой молекулы
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Слайд 11Перекрывание фазовых пространств
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good
practices in free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B,
114(32), 10235-10253.Расчёт не валиден
Слайд 16Алхимические превращения
Работает хорошо, но не с потенциалами, обладающими сингулярностями: Леннард-Джонс,
Кулон
Слайд 22Или суммировать с весами?
MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)*
Минимизирует погрешность, подбирая
весовые функции
Реализован в пакете GROMACS
* M.R Shirts, J.D. Chodera //
J. Chem. Phys. 2008, 129, 129105
Слайд 33Литература
Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides
G. Pieffet,
Alan E. Mark. Introduction to free energy calculation methods. Url
Justin
A. Lemkul. Simple free energy calculations. (D. Mobley tutorial using BAR for methane). UrlSander Pronk. Tutorial for calculating a free energy of solvation of ethanol. pdf
Слайд 34Литература
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in
free-energy calculations. The Journal of Physical Chemistry B, 114(32), 10235-10253.
Klimovich,
P. V., Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2015). Guidelines for the analysis of free energy calculations. Journal of computer-aided molecular design, 29(5), 397-411.Shirts, M. R., & Mobley, D. L. (2013). An introduction to best practices in free energy calculations. In Biomolecular Simulations (pp. 271-311). Humana Press, Totowa, NJ.
