в чередовании с корнем -им- (вын-им-ать). Раньше, примерно до XVII
века, этот глагол выглядел как вынять, и в нем был материальный корень, такой же как в снять, обнять, понять (ср. снимать, обнимать, понимать), однако впоследствии корень -ня- был переосмыслен как суффикс -ну- (как в сунуть, дунуть).Это единственное слово русского языка, которое не имеет корня.