Казанскую духовную академию (1862) и был назначен преподавателем в Казанскую духовную
семинарию.В 1863 году был переведён в Казанскую духовную академию на кафедру противомусульманских предметов с присвоением звания бакалавра.
В 1869 году рукоположён в священники Богоявленской церкви Казани с сохранением должности профессора, с1880 года — протоиерей, с 1886 — протоиерей кафедрального Благовещенского собора.
В 1875 году основал частный миссионерский приют в Казани.
Член-учредитель Братства святителя Гурия (1867), в 1869—1875 годах — член его Переводческой комиссии.
В 1883—1895 годах Малов являлся редактором журнала «Известия по Казанской епархии».
В Казани Малов проживал со своей семьёй в собственном доме — в Академической слободе, дом № 11 по ул. 2-я Академическая (современная ул. Зинина). Здесь в 1880 году в семье Евфимия Александровича родился сын Сергей, который впоследствии стал видным учёным.
Умер 25 февраля 1918 года в Казани, был похоронен на Арском кладбище города.